Istri pertama Syekh Ibrahim Samarkandi bernama Retno Jumilah. Dari mereka lahir Ishaq Maqdum atau Syekh Maulana Ishaq. Istri keduanya bernama Dewi Candrawulan, kakak dari Raja Champa. Dari pernikahan kedua itu, Ibrahim Samarkandi dikaruniai dua putra, yaitu Ali Murtadho dan Ali Rahmatullah.
Syekh Ibrahim Samarkandi merupakan keturunan kesembilan Nabi Muhammad Saw. Nasabnya bersambung kepada Nabi Saw. melalui Sayyidah Fathimah Az-Zahra/Ali ibn Abi Thalib, dengan urutan sebagai berikut: Fathimah az-Zahra/Ali ibn Abi Thalib – Al-Imam Al-Husein – Al-Imam Ali Zainal Abidin – Al-Imam Muhammad Al-Baqir – Al-Imam Ja’far Shadiq – Al-Imam Ali Al-Uraidhi – Al-Imam Muhammad An-Naqib – Al-Imam Isa Ar-Rumi – Al-Imam Ahmad Al-Muhajir – As-Sayyid Ubaidillah – As-Sayyid Alwi – As-Sayyid Muhammad – As-Sayyid Alwi – As-Sayyid Ali Khali’ Qasam – As-Sayyid Muhammad Shahib Mirbath – As-Sayyid Alwi Ammil Faqih – As-Sayyid Abdul Malik Azmatkhan – As-Sayyid Abdullah – As-Sayyid Ahmad Jalaluddin – As-Sayyid Husain Jamaluddin – Syekh Ibrahim Samarkandi/ As-Sayyid Ibrahim Zainuddin as-Samarkandi.
Babad Tanah Jawi, Babad Risaking Majapahit, dan Babad Cirebon sama-sama menuturkan bahwa, ketika Ibrahim Asmara datang ke Champa, Raja Champa belum memeluk Islam. Sang Syekh tinggal di Gunung Sukasari, Champa, dan menyebarkan agama Islam kepada penduduk Champa. Mendapati dakwah Syekh Ibrahim, Raja Champa murka dan memerintahkan pasukan untuk membunuh Ibrahim Asmara beserta semua orang yang sudah memeluk Islam. Namun, usaha raja itu gagal, karena dia keburu meninggal sebelum berhasil menumpas Ibrahim Asmara dan orang-orang Champa yang memeluk Islam.
Raja Che Bong Nga, yang menggantikan raja lama, pun diajak memeluk Islam oleh Ibrahim Asmara. Ternyata dia berkenan. Bahkan, Ibrahim Asmara kemudian menikahi Dewi Candrawulan, putri raja baru Champa itu. Dari pernikahan tersebut, lahir Ali Murtolo (Ali Murtadho) dan Ali Rahmatullah—yang kelak menjadi Raja Pandhita dan Sunan Ampel.
Kerajaan Champa adalah sebuah kerajaan yang berada di pinggir sungai, dan merupakan kerajaan yang cukup maju di abad ke-14 – 15 M. Champa merupakan konfederasi dari lima provinsi, di mana masing-masing provinsi dipimpin oleh satu pangeran. Provinsi tersebut adalah Indrapura, Amarawati, Vijaya, Kauthara, dan Panduranga. Kemuliaan kerajaan itu terjadi pada era Che Bong Nga 1360-1390 M. Syekh Ibrahim Samarkandi berhasil mengajak Raja Che Bong Nga ke dalam agama Islam dan mengubah namanya menjadi Sultan Zainal Abidin.
Champa merupakan kota terkenal yang banyak dikunjungi pedagang di dunia pada awal abad 15 M, termasuk India dan Timur Tengah. Dalam catatan Agus Sunyoto, relasi Majapahit dan Champa sudah terjalin lebih dari dua abad sebelum pendudukan ibu kota Champa oleh Raja Vietnam bernama Le Nanh-Ton pada 1446, dan kejatuhan Majapahit pada 1478 M. Relasi kedua kerajaan ini juga diperkuat adanya ikatan pernikahan antara anak Raja Champa yang bernama Dewi Darawati dengan Prabu Sri Kertawijaya alias Brawijaya V, Raja Majapahit.
Ketika Champa diserbu Vietnam pada 1446 dan 1471, sebagian penduduknya mengungsi ke pesisir Jawa. Meski kondisi politik Majapahit saat itu juga tidak stabil, namun menimbang relasi harmonis antara Champa dengan Majapahit, keberadaan mereka bisa diterima dengan baik.
Relasi harmonis Champa dan Majapahit ditulis oleh Marco Polo dalam catatan perjalanannya. Dalam dalam halaman manuskrip Les Voyages de Marco Polo, pelancong asal Venesia, Italia itu menyebut Jawa secara khusus dengan nama Du Grant Îlle de Iava atau Pulau Besar Jawa. Manuskrip ini terhitung sebagai manuskrip Les Voyages tertua dan langka, ditulis sekitar tahun 1350 M, atau sekitar 26 tahunan setelah meninggalnya Marco Polo. Manuskrip ini sekarang tersimpan di Perpustakaan Nasional Swedia.
Sementara itu, menurut Tim Pustaka Jawa Timuran, dari koleksi Deposit – Badan Perpustakaan dan Kearsipan Provinsi Jawa Timur, berjudul Tuban Bumi Wali: The Spirit of Harmony, Tuban (Pemerintah Daerah Kabupaten Tuban, 2013, hal. 183 – 191), Syekh Ibrahim Samarkandi diperkirakan datang ke Jawa pada sekitar tahun 1362 Saka/1440 Masehi, bersama dua orang putra dan seorang kemenakannya, serta sejumlah kerabat. Tujuan mereka adalah menghadap Raja Majapahit yang menikahi adik istrinya, Dewi Darawati.
Menurut Agus Sunyoto, berdasarkan dari kronologi waktu, Syekh Ibrahim Samarkandi diperkirakan datang ke Jawa pada sekitar tahun 1440 M. Ini artinya waktu kedatangan beliau terpaut dua dasawarsa dari waktu wafatnya Syekh Maulana Malik Ibrahim pada tahun 1419 M.
