Melalui pengajaran dan fatwa-fatwanya, Kiai Hasyim menyemai kesadaran untuk bangkit dan melawan, membebaskan diri dari penjajahan, yang pada akhirnya berhasil menggelorakan revolusi fisik merebut dan mempertahankan kemerdekaan Republik Indonesia.
Keberadaannya selalu menjadi perhatian serius penjajah. Baik Belanda maupun Jepang berusaha untuk merangkulnya. Di antaranya ia pernah hendak dianugerahi bintang jasa oleh Belanda pada tahun 1937, tapi ditolaknya.
Kiai Hasyim kerap membuat Belanda kelimpungan. Dia memfatwakan bahwa perang melawan Belanda adalah jihad atau perang suci. Selama masa perjuangan mengusir penjajah, Kiai Hasyim dikenal sebagai penganjur, penasihat, sekaligus jenderal dalam gerakan laskar-laskar perjuangan seperti GPII, Hizbullah, Sabilillah, dan gerakan Mujahidin. Bahkan,Jenderal Soedirman dan Bung Tomo senantiasa meminta petunjuk kepada Kiai Hasyim.
Fatwa penting monumental yang dikeluarkan oleh Kiai Hasyim bersama ulama se-Jawa dan Madura adalah Fatwa Resolusi Jihad pada 22 Oktober 1945, ketika Belanda (NICA) yang membonceng pasukan sekutu (Inggris) hendak kembali menduduki wilayah Indonesia dalam Agresi Militer Belanda II. Fatwa itu seketika menggelorakan semangat juang rakyat Indonesia dari seluruh penjuru Tanah Air untuk mempertahankan kemerdekaan Indonesia yang telah diproklamasikan pada 17 Agustus 1945. Resolusi Jihad Kiai Hasyim mempunyai esensi bahwa berjuang mempertahankan kemerdekaan merupakan kewajiban agama.
Ketua Pengurus Cabang Nahdatul Ulama (PCNU) Surabaya A. Muhibbin Zuhri menilai revolusi fisik pada tahun 1945 merupakan momentum penting yang menjadi pangkal tolak Indonesia sebagai sebuah negara merdeka dan berdaulat secara politik. Sejarah mencatat, peperangan terjadi di hampir semua kota penting di Jawa, untuk mempertahankan kedaulatan bangsa yang belum lama diproklamirkan, yaitu pada 17 Agustus tahun itu, dan terbentuknya negara sehari kemudian, pada 18 Agustus.
Menurut Muhibbin, gerakan perlawanan fisik yang masif itu pasti didorong oleh nilai-nilai kolektif yang membangkitkan keberanian untuk melakukan pengorbanan jiwa, raga, dan harta. Fatwa jihad yang dikeluarkan oleh Kiai Hasyim memiliki kontribusi signifikan dalam mengkristalkan semangat nasionalisme, melalui implementasi nilai-nilai relegius di dalamnya. Karena NU memiliki basis sosial yang kuat di Jawa, resonansi fatwa tersebut dapat memobilisir kekuatan tempur masyarakat Muslim.
