Sri Sumaryoto, dalam 9 Sunan (2015), menyebut Maulana Malik adalah saudara dari Maulana Ishak, ulama terkenal di Samudera Pasai (sekarang Aceh), Kerajaan Islam pertama di Nusantara. Maulana Ishak adalah ayah Sunan Giri. Maulana Ibrahim dan Maulana Ishak, kata Sumaryoto, adalah anak seorang ulama di Persia bernama Maulana Jumadil Kubro—yang diyakini sebagai generasi ke-10 dari Husein ibn Ali, cucu Nabi Muhammad Saw.
Sementara itu, Azyumardi Azra, guru besar sejarah UIN Syarif Hidayatullah Jakarta, dalam Jaringan Ulama Timur Tengah dan Kepulauan Nusantara Abad XVII dan XVIII, menghubungkan Malik Ibrahim dengan ulama Patani paling terkenal, yaitu Dawud ibn Abd Allah ibn Idris al-Fatani, yang hidup sekira abad ke-8 M. Keduanya memiliki hubungan leluhur. Dawud al-Fatani lahir di Kresik—yang juga sebagai Gresik—sebuah kota pelabuhan tua di Patani. Di situ pula Malik Ibrahim, menurut Azra, diriwayatkan pernah mengajarkan Islam sebelum pindah ke Jawa Timur. “Di sana dia membangun sebuah pusat pengembangan Islam yang juga dinamakan Gresik,” tulis Azra.
Elizabeth Lambourn, sejarawan bidang abad pertengahan Asia Selatan dan Samudera Hindia, dalam From Cambay to Samudera Pasai and Gresik: The Ezport of Gujerati Grave Memorials to Sumatra and Java in the Fifteeenth Century C.E, yang terbit dalam Indonesia and the Malay World, berpendapat bahwa Malik Ibrahim merupakan seorang mualaf generasi pertama. Pendapat tersebut berdasarkan tidak adanya garis keturunan atau nasab (yaitu: Malik Ibrahim bin/ anak dari ini dan itu) pada nama Malik Ibrahim. Gelarnya menunjukkan bahwa Malik Ibrahim memegang posisi penting di daerah itu. Namun, dia bukan seorang pedagang, karena dalam gelarnya tak ditemukan unsur yang berkaitan dengan aktivitas perdagangan.
“Nisan pedagang abad ke-14 dan ke-15 dari Cambay, misalnya, berlimpah dengan julukan pedagang yang megah seperti Malik al-Tujjar ‘Raja pedagang’, Mufakhr al-Tujjar ‘Kebanggaan pedagang’, dan seterusnya,” tulis Lambourn.
Sementara itu, sebagian masyarakat secara keliru menyebut Maulana Malik Ibrahim sebagai Syekh Maghribi, sehingga timbul asumsi bahwa tokoh bersangkutan adalah tokoh dari wilayah Magrib, Maroko, di Afrika Utara. Sementara itu, Babad Tanah Jawi yang disunting J.J. Meinsma secara kurang tepat menyamakan Syekh Maulana Malik Ibrahim dengan Syekh Ibrahim Asmarakandi (as-Samarqandi). Penyamaan ini menimbulkan kesan bahwa Maulana Malik berasal dari Samarkand di Asia Tengah.
Sedangkan, menurut Sir Thomas Stamford Raffles dalam The History of Java, from the earliest Traditions till the establisment of Mahomedanism, 1830, halaman 122,; “Mulana Ibrahim, seorang pandita terkenal bersumber dari Arabia, keturunan dari Jenal Abidin, dan sepupu raja Chermen (sebuah negara Sabrang), telah menetap bersama para Mahomedans, lainnya di Desa Leran, di Janggala”.
Berdasar penulisan yang lebih belakangan, perbedaan asumsi mengenai jati diri Maulana Malik Ibrahim semakin menajam. Bahkan, penulisan yang lebih belakangan lagi menyusun silsilah “spekulatif” tentang Maulana Malik Ibrahim. Dia dikaitkan dengan golongan Alawiyyin keturunan Nabi Muhammad Saw. dari Fatimah az-Zahra` dengan Ali ibn Abi Thalib, lalu ke jalur Husein ibn Ali. Secara beturut-turut kemudian menurun ke Ali Zainal Abidin — Muhammad al-Baqir — Ja’far ash-Shadiq — Ali al- Uraidhi — Muhammad al-Naqib — Isa ar-Rumi — Ahmad al-Muhajir — Ubaidullah — Alwi Awwal — Muhammad Sahibus Saumiah — Alwi ats-Tsani — Ali Khali’ Qasam — Syekh Muhammad Shahib Mirbath — Alwi Ammi al-Faqih — Abdul Malik Ahmad Khan — Abdullah (al-Azhamat) Khan — Ahmad Syah Jalal — Jamaluddin Akbar al-Husain — dan Maulana Malik Ibrahim.
Silsilah nasab tersebut, salah satunya, berdasarkan catatan As-Sayyid Bahruddin Ba’alawi Al-Husaini yang dibukukan dalam Ensiklopedi Nasab Ahlul Bait.
