Sedangkan keterangan yang menyatakan bahwa Sunan Kalijaga adalah asli Jawa datang dari Darmosugito—anggota Trah Kalinjangan—yang disampaikan pada seorang pembantu majalah Penyebar Semangat Surabaya bernama Tjantrik Mataram. Menurut dia, Sunan Kalijaga keturunan Jawa asli. Silsilahnya sebagai berikut: Adipati Ranggalawe – Aria Teja I – Aria Teja II – Aria Teja III – Raden Tumenggung Wilwatikta – Raden Mas Said.
Sementara itu, menurut versi China, Raden Said juga punya nama alias Syekh Melaya karena dia merupakan putra Tumenggung Melayukusuma, putra seorang ulama dari Negeri Atas Angin. Melayukusuma diangkat menjadi Adipati Tuban oleh Prabu Brawijaya dengan nama Tumenggung Wilwatikta.
Ada dugaan bahwa Melayukusuma atau Tumenggung Wilwatikta—atau yang dalam versi Jawa kadang disebut juga Aria Teja III—bukanlah putra Arya Teja II, melainkan menantunya. Dia menikah dengan Retno Dumilah, putri Adipati Tuban Arya Adikara atau Ranggalawe. Dari perkawinan tersebut ia memiliki putra Aria Wilwatika.
Terlepas dari berbagai versi silsilah tersebut, semua sumber, baik Babad Tuban maupun sumber yang digunakan Van Den Berg, De Graaf, dan R.M. Mohammad Soedioko, sama-sama menyatakan bahwa ayah Raden Said adalah Aria Wilwatikta Bupati Tuban.
Damar Shashanka, dalam buku Induk Ilmu Kejawen: Wirid Hidayat Jati (2014) menyebutkan bahwa Sunan Kalijaga lahir di Tuban pada tahun 1450 dan wafat di Kadilangu, Demak, tahun 1550. Sedangkan Purwadi, dalam buku Ilmu Makrifat Sunan Bonang (2004), menyebut bahwa Sunan Kalijaga lahir pada tahun 1430-an.
Kisah Raden Said atau Sunan Kalijaga dimulai dengan masa muda yang sangat nakal. Serat Walisana dalam langgam Asmaradana pupuh XIX menggambarkan dia suka berjudi, minum minuman keras, dan mencuri, sehingga dia diusir oleh orang tuanya yang malu dengan kelakuannya. Setelah diusir, bukannya bertobat dan menjadi baik, Raden Said malah semakin menjadi-jadi. Sampai akhirnya dia menjadi perampok atau begal yang selalu membuat kerusuhan di Hutan Jatisari, Tuban. Dia juga tak segan membunuh orang.
Karena perilakunya yang mencemaskan tersebut, Raden Said kemudian dikenal dengan sebutan Lokajaya, yang bermakna “penguasa wilayah”—berasal dari kata “loka” yang berarti “wilayah” dan “jaya” yang berarti “menang” atau “menguasai”.
Raden Said alias Lokajaya bertobat setelah bertemu Sunan Bonang. Mulanya dia hendak merampok Sunan Bonang, namun malah takluk ketika Sunan Bonang mampu menunjukkan kesaktian dengan mengubah buah aren menjadi emas di depannya. Setelah bertobat, Raden Said berusaha dengan sangat keras untuk menjadi manusia agung yang mulia—hingga akhirnya dia berhasil menjadi salah seorang anggota Wali Songo.
Menurut keterangan Serat Kandhaning Ringgit Purwa, suatu ketika Raden Said diminta Sunan Bonang agar mengerjakan ibadah haji ke Mekkah. Namun, ketika sampai di Pulau Pinang, dia bertemu Maulana Maghribi, yang memintanya kembali Jawa. Alasannya, menurut Maulana Maghribi, lebih baik Raden Said membuat masjid untuk mengembangkan dakwah Islam di Jawa daripada ke Mekkah untuk melihat bangunan kakbah bikinan Nabi Ibrahim. Sebab, waktu itu Raden Said baru mengenal Islam. Syekh Maghribi sepertinya khawatir, jika melihat kakbah yang terbuat dari batu, Raden Said malah akan menjadi kafir karena berpikir orang Islam menyembah batu.
