Kisah Syarif Hidayat dalam menuntut ilmu diwarnai cerita-cerita absurd yang perlu penafsiran. Bermula ketika dia berangkat ke Mekkah menumpang kapal niaga yang akan mengangkut rempah-rempah dari Sumatera ke Laut Merah. Dia bermukim di Tanah Suci sambil melanjutkan pelajaran agama. Di Mekkah, Syarif Hidayatullah berguru kepada beberapa syekh dan mengambil beberapa ijazah tarekat Syadziliyah dan Naqsabandiyah.
Sajarah Wali mengisahkan Syarif Hidayat berguru kepada Syekh Najmurini Kubro di Mekkah untuk mengambil tarekat Nakisbandiyah atau Naqsyabandiyah dan tarekat Istiqoi dan tarekat Syathari atau Syathariyah sampai mencapai makrifat. Setelah lulus, Syarif Hidayatullah dianugerahi nama Madzkurallah.
Setelah dinilai cukup menimba ilmu kepada Syekh Najmurini Kubro, Sang Syekh memerintahkan Syarif Hidayatullah untuk mencari guru bernama Syekh Muhammad Athaillah, yang berbangsa Iskandiyah, yang dipuja-puja oleh kaum beriman.
Syarif Hidayat pun pergi meninggalkan Mekkah menuju Syadzilah untuk mencari ilmu tarekat Syadziliyah kepada Syekh Athaillah. Dari Syekh Athaillah dia berhasil mendapatkan ilmu zikir yang disebut Sigul Hirarya dan Tanarul al-Tarqu. Peristiwa ini dicatat Sajarah Wali pada pupuh VII bait 1-7 dalam langgam Dangdanggula.
Setelah dinyatakan lulus tarekat Syadziliyah, Syarif Hidayat dianugerahi nama baru: Arematullah. Selanjutnya dia diperintahkan oleh gurunya untuk berguru lagi kepada Syekh Datuk Sidiq di Negeri Pasai, yang tak lain adalah ayah Sunan Giri.
Kehadiran Syarif Hidayat ke Pasai disambut gembira oleh Syekh Datuk Muhammad Sidiq. Di Pasai, ia diajari Tarekat Anfusiyah dan namanya diganti menjadi Abdul Jalil. Setelah dinyatakan lulus oleh Syekh Muhammad Sidiq, Syarif Hidayat diperintahkan untuk pergi ke tanah Jawa, tepatnya di Karawang, menemui seorang wali bernama Syekh Bentong.
Syarif Hidayat mengikuti perintah itu dan berhasil bertemu Syekh Bentong. Namun, ketika dia meminta nasihat kepada Syekh Bentong, malah Syekh Bentong yang ingin menjadi muridnya. Lalu, Syarif Hidayat ditunjukkan kepada guru rohani bernama Syekh Haji Jubah. Namun, sebagaimana Syekh Bentong, Syekh Haji Jubah juga menolak memberi nasihat kepada Syarif Hidayat. Syekh Haji menunjukkan Syarif Hidayat agar ke Kudus, tempat seorang wali bernama Datuk Barul mengajar ilmu rohani.
Syarif Hidayat pun pergi ke Kudus, ke kediaman Datuk Barul yang terapung di tengah laut. Dia diterima dengan sukacita oleh tuan rumah. Lalu, dia menyampaikan keinginannya untuk berbaiat Tarekat Jauziyah Madamakhidir kepada Datuk Barul. Setelah berhasil mempelajari tarekat tersebut, nama Syarif Hidayat diganti menjadi Wujudullah. Dan setelah dinyatakan lulus, Syarif Hidayat diminta Datuk Barul untuk pergi ke Ampeldenta, berguru kepada Sunan Ampel.
Di Ampeldenta, Syarif Hidayat diterima oleh Sunan Ampel dan dipersaudarakan dengan Sunan Bonang, Sunan Giri, serta Sunan Kalijaga. Setelah mendapat nasihat dari Sunan Ampel, Syarif Hidayat kemudian ditetapkan sebagai guru di Gunung Jati. Dan sebelum hijrah ke wilayah Barat pulau Jawa, Syarif Hidayat singgah di Demak. Di situ dia menikah putra putri kedua kesultanan.
