Sementara itu, menurut Raffles dalam The History of Java (1965), Raden Paku adalah keturunan orang asing dari Barat bernama Maulana Ishak dengan seorang putri Raja Blambangan. Dari garis ibu, Sunan Giri adalah keturunan Bhre Wirabhumi (putra Hayam Wuruk dari selir yang dirajakan di Blambangan—red).
Didikan sebagai bangsawan tinggi yang diperolehnya dari ibu angkatnya, Nyi Pinatih dan adiknya yang bernama Pangeran Arya Pinatih—yang dikenal dengan nama Syekh Manganti—telah mencetak Raden Paku sebagai bangsawan tinggi yang mewarisi hak-hak previlege sebagai keturunan Bhre Wirabhumi. Pergantian nama dari Jaka Samudra menjadi Raden Paku yang dilakukan oleh Sunan Ampel menunjukkan terjadinya perubahan status Raden Paku, dari semla hanya masyarakat biasa menjadi keluarga penguasa Surabaya bergelar raden, yang merupakan bagian dari keluarga Maharaja Majapahit. Itu sebabnya, pada saat kekuasaan Majapahit terpecah-pecah menjadi kadipaten-kadipaten kecil yang saling berperang satu sama lain, Raden Paku mempertahankan kemerdekaan wilayahnya dengan mengangkat diri sebagai penguasa wilayah dengan gelar Sunan Giri.
Sementara itu, menurut Hoesein Djajadiningrat dalam Sadjarah Banten (1983), Nyai Pinatih—ibu angkat Jaka Samudra—adalah seorang janda kaya raya di Gresik. Sebelumnya dia punya suami beranama Koja Mahdum Syahbandar, seorang asing di Majapahit. Nama Pinatih sejatinya berkaitan dengan nama keluarga Ksatria Manggis di Bali (Eiseman, 1988), yang merupakan keturunan penguasa Lumajang, Menak Koncar—salah seorang keluarga Maharaja Majapahit yang awal sekali memeluk Islam.
H.J. De Graaf dan Th.G.Th. Pigeaud dalam Kerajaan-Kerajaan Islam di Jawa Peralihan dari Majapahit ke Mataram (1985) menyimpulkan bahwa Prabu Satmata dari Giri dan ibu angkatnya yang sudah beragama Islam, Nyai Gede Pinatih dari Gresik, berperan besar dalam pembentukan masyarakat beragama Islam di Gresik—sebagaimana peran yang diemban Sunan Ampel di Surabaya.
Kebesaran Prabu Satmata Sunan Giri sebagai seorang penguasa yang berhasil membawa kemakmuran bagi masyarakat muslim di Gresik terlihat pada masa kekuasaan Pangeran Zainal Abidin Sunan Dalem, putra Sunan Giri yang dikenal dengan gelar Sunan Giri II. Tome Pires, musafir Portugis yang datang ke Jawa tahun 1513-1514, dalam Suma Oriental (1944) menggambarkan kekuasaan Pangeran Zainal Abidin di daerah agraris di pedalaman. Pangeran Zainal Abidin diketahui Tome Pires sebagai penguasa Islam tertua di kota-kota pesisir Jawa Tengah dan Jawa Timur, yang bersahabat baik dengan Pate Rodim Tua (Raden Patah) dan Pate Rodim Muda (Sultan Trenggana), penguasa Demak. Jasa-jasanya sangat besar dalam pengembangan Islam.
Sementara itu, gelar Prabu Satmata pada Sunan Giri, sebagaimana disebutkan oleh H.J. De Graaf dan Th.G.Th. Pigeaud, adalah penanda bahwa Sunan Giri juga memiliki kekuasaan politis. Satmata, yang bermakna ‘Raja Satmata’, adalah salah satu nama Syiwa. Dalam penelitian yang dilakukan Tim Peneliti Balitbangda Kabupaten Gresik pada 2008, ditemukan data toponim bekas Keraton Sunan Giri yang terletak di Menganti. Nama “menganti” berasal dari istilah “bangsal sri manganti”, yang berarti “kantor raja” yang terletak berdekatan dengan kepatihan.
Sedangkan Th.G.Th. Pigeaud dalam Javaansche Volksvertoningen (1938) menyatakan bahwa Prabu Satmata adalah orang pertama di antara ulama yang membangun tempat khalwat dan makam di atas bukit. Untuk diketahui, tempat keramat di atas gunung merupakan sesuatu yang penting dalam kehidupan keagamaan sejak sebelum zaman Islam di Jawa timur.
Giri Kedaton kemudian menjadi perlambang restu bagi para sultan dari berbagai daerah. Tak sah rasanya jika seorang sultan belum mendapatkan legitimasi dari Giri Kedaton. Dengan demikian, Giri Kedaton, yang di awal fokus pada pendidikan dan dakwah, mulai merambah wilayah politik.
Dalam penelitian Tim Balitbangda Kabupaten Gresik berjudul Kajian Sejarah Kyai Tumenggung Pusponegoro Bupati Gresik (2008) disebutkan bahwa keberadaan kekuasaan politis Sunan Giri mengikuti pola kekuasaan yang berlaku dewasa itu, yang ditandai oleh dua tempat utama yang berkaitan dengan keberadaan seorang penguasa, yaitu bangsal dan puri.
Yang dimaksud bangsal adalah pusat kekuasaan raja, yaitu kompleks perkantoran tempat raja bekerja menjalankan tugas sebagai kepala negara dan sebagai pemegang otoritas hukum serta keagamaan. Di kompleks bangsal ini raja menerima tamu negara, memimpin rapat para menteri, menerima persembahan upeti-upeti dan hadiah-hadiah, menjatuhkan keputusan-keputusan hukum, dan sebagainya. Bangsal-bangsal tersebut dinamai sesuai fungsi masing-masing: seperti Bangsal Sri Manganti, Bangsal Manguntur, Bangsal Sasana Sewaka, Bangsal Witana, Bangsal Panangkilan, dan Bangsal Pancaniti.
Bertolak dari keberadaan Bangsal Sri Manganti, Puri Kedhaton dan gelar Prabu Satmata atau Sunan Giri, keberadaan tokoh anggota Wali Songo yang bernama pribadi Raden Paku atau Jaka Samudra itu dapat dipastikan bukan hanya seorang ulama penyebar Islam, melainkan juga seorang penguasa politik di wilayahnya. Kedudukan ganda Sunan Giri ini, oleh Sunan Ampel disebut sebagai “noto” dan “pandhito”, atau yang lazim digunakan masyarakat dewasa itu adalah sebutan “Pandhito Ratu”.
