Dalam versi lain yang agak berbeda diceritakan, perjalanan Ali Rahmatullah ke tanah Jawa tanpa disertai oleh ayahnya. Bagian ini merupakan pemaparan berdasarkan pada buku Syaikh Abu al-Fadhol, Ahla al Musamarah fi Hikayat al Auliya al ‘Asyrah, dikorelasikan dengan keterangan sumber-sumber primer tak langsung dari buku-buku yang disusun oleh beberapa akademisi lainnya. Ada yang menarik dalam cuplikan manakib yang ditulis oleh Syaikh Abu Fadhol ini:
“…Raja Brawijaya sangat senang kepada Raden Raja Pandito dan Sayyid Rahmat. Raja pun menganggap keduanya layaknya anak sendiri, sebagaimana anak-anaknya yang lain, yang banyak sekali jumlahnya itu. Sang Raja memberikan mereka berdua apa yang diminta. Akan tetapi, keduanya senantiasa dirundung kesedihan karena mereka tidak menemukan seorang pun beragama Islam di Majapahit khususnya, dan Jawa pada umumnya.
Sementara itu, kondisi sosial-politik Kerajaan Majapahit mengalami kemunduran drastis setelah ditinggal Mahapatih Gajah Mada dan Prabu Hayam Wuruk. Perang saudara merobek-robek persatuan. Kerajaan terpecah-belah. Banyak adipati yang tidak loyal kepada Prabu Brawijaya. Pajak dan upeti kerajaan lebih sering dinikmati oleh para adipati dan tak pernah sampai ke istana Majapahit.
Keadaan tersebut membuat sang Prabu bersedih hati. Apalagi jika ia mengingat kebiasaan buruk kaum bangsawan dan para pangeran yang suka berpesta pora, berjudi, serta mabuk-mabukan. Prabu Brawijaya sadar, apabila kebiasaan semacam itu diteruskan, maka kerajaan akan menjadi lemah dan betapa mudahnya musuh menghancurkan Majapahit.
Situasi sosial-politik Majapahit itulah yang kemungkinan menjadi faktor penyebab mengapa Raden Ali Rahmatullah dan Raja Pandito bersedih. Kesedihan itu diungkapkan dalam pertanyaan: Mengapa sulit ditemukan orang-orang Majapahit yang memeluk agama Islam? Mengapa mereka melanggar larangan Allah dengan pesta pora, mabuk-mabukan, dan perbuatan tercela lainnya?
Kesedihan mendalam membuat Ali Rahmatullah dan Raja Pandito ingin pulang kembali ke Campa. Mereka berdua pun memberitahu Raja Brawijaya perihal keinginan tersebut, tetapi Raja Brawijaya melarang. Raja Brawijaya mengatakan, “Janganlah kalian pulang. Kalau kalian berdua mau menjadi pejabat, aku akan memberi kalian jabatan menteri atau adipati. Jika kalian ingin menikah, maka silakan memilih anak-anak perempuan para menteri atau para adipati…”
