Setelah menduduki Yogya, Belanda menyebarluaskan propaganda di PBB dengan menyebut Indonesia sudah tidak berdaulat lagi. Pernyataan Belanda tersebut membuat pemimpin nasional geram, lalu memutuskan melakukan serangan terhadap ke Yogya.
Sebelum serangan, menurut banyak catatan sejarah, Sri Sultan HB IX sebagai Raja Keraton Yogyakarta berdiskusi dengan Jendral Sudirman sebagai pimpinan TNI terkait situasi di Yogya. Setelah situasi dinilai memungkinkan, dilakukanlah penyerangan. Dalam salah satu versi sejarah, Jendral Sudirman disebut meminta Letkol Soeharto—saat itu menjabat sebagai Komandan Brigade 10/Wehrkreise III—untuk memimpin langsung penyerangan terhadap Belanda di pusat Ibu Kota Yogyakarta terhadap pasukan Belanda.
Sebagaimana dikutip laman Kemendikbud, Letkol Soeharto disebut memimpin pasukan dari sektor barat sampai Malioboro. Sementara sektor timur dipimpin oleh Ventje Sumual; sektor selatan dan timur dipimpim Mayor Sardjono; sektor utara oleh Mayor Kusno; sedangkan sektor kota, Letnan Amir Murtono dan Letnan Masduki ditunjuk sebagai pimpinan. Serangan itu membuahkan hasil. Pasukan perang Indonesia berhasil menduduki Yogyakarta selama 6 jam.
Tepat pukul 12.00 WIB siang pada 1 Maret 1949, seluruh pasukkan TNI mundur. Serangan Umum ini untuk membuktikan kepada dunia internasional bahwa tentara Indonesia masih eksis. Situasi ini membawa dampak yang sangat besar, sekaligus memperkuat posisi tawar Indonesia dalam perundingan di Dewan Keamanan PBB.
Beberapa sejarawan menilai Soeharto maupun Sultan HB IX sama-sama memiliki peran penting dalam serangan tersebut. Soeharto, menurut laman Kemendikbud, adalah pemimpin langsung dalam serangan, sementara Sultan HB IX—yang sebelum PDRI dibentuk adalah menteri pertahanan Indonesia sekaligus pemimpin tertinggi Yogyakarta—berperan memantau dan mengatur stabilitas Yogyakarta.
Namun, yang menjadi kontroversi sampai saat ini ialah, baik Soeharto dan Sultan HB IX sama-sama diklaim sebagai penggagas serangan umum menurut versi penulisan sejarah yang berbeda-beda. Oleh karena itu, Batara Hutagalung dalam bukunya Serangan Umum 1 Maret 1949 (2016), berusaha menengahi kontroversi tersebut, dengan menyebut bahwa bahwa Serangan Umum 1 Maret 1949 adalah rencana kolektif berbagai petinggi negara, pimpinan Yogyakarta, dan TNI.
