Pasca-perjanjian, Pangeran Mangkubumi memilih Yogyakarta sebagai ibukota kerajaan. Dia memilih lokasi ini dengan pertimbangan filosofis-magis. Mangkubumi adalah ahli strategi perang sekaligus arsitek yang memegang teguh nilai historis maupun filosofis. Dia percaya jika nilai-nilai filosofis disusun dan diterapkan dengan tepat, maka itu bakal berpengaruh terhadap sikap dan perilakunya sebagai raja terhadap rakyatnya.
Dari sisi topografi, Yogyakarta terletak di antara enam sungai yang mengapit secara simetris, yaitu Sungai Codé dan Winanga di ring pertama; Sungai Gajahwong dan Kali Bêdog di ring kedua; serta Sungai Opak dan Sungai Progo di ring ketiga. Di sebelah utara terdapat Gunung Merapi yang masih aktif, dan di sebelah selatan terdapat Laut Selatan. Posisi ini membuat Yogyakarta tampak istimewa secara geografis.
Penentuan lokasi Yogyakarta sebagai ibukota kerajaan ini, menurut beberapa sejarawan, mirip dengan pemilihan lokasi bangunan suci oleh orang Hindu. Sebagaimana dipaparkan dalam kitab-kitab agama Hindu, bangunan suci—seperti candi misalnya—umumnya berlokasi di daerah yang kondisi alamnya berbeda dengan sekitarnya. Itu dilakukan untuk memperlihatkan atau “memverifikasi” kekuasaan dewa atau keajaiban lainnya. Seperti itulah cara Pangeran Mangkubumi menentukan Yogyakarta sebagai ibukota kerajaan.
Sejarawan Soekmono, dalam makalahnya berjudul Candi sebagai Objek Arkeolog (1991), menjelaskan, puncak gunung dan lereng bukit, daerah kegiatan vulkanik, dataran tinggi yang menjulang di atas tepi lembah, tepian sungai atau danau, dan tempat bertemunya dua sungai—sebagaimana karakter geografis yang mengelilingi Yogyakarta—merupakan daerah yang baik sebagai lokasi bangunan suci.
Apabila ditelusuri, menurut Soekmono, aliran Sungai Progo dan Elo adalah padanan Sungai Gangga dan Jamuna di India, di mana kedua aliran sungai tersebut mengapit bangunan suci berupa Kota Bodh Gaya dan Stupa Bharhut. Demikian juga posisi Ngayogyakarta Hadiningrat, diapit oleh dua sungai besar di ring paling luar, Sungai Opak dan Sungai Progo, serta Sungai Codé dan Winongo di ring yang paling dalam.
Sedangkan puncak gunung, menurut mitologi Hindu, merupakan tempat bersemayamnya para dewa. Di Yogyakarta, lokasi seperti itu diwakili oleh Gunung Merapi. Dengan setting lokasi seperti inilah Pangeran Mangkubumi menciptakan sumbu atau poros imajiner Gunung Merapi– Kraton–Laut Selatan.
Garis tersebut untuk mengingatkan makna gunung sebagai ketenangan tempat suci; dataran pemukiman—yang diwakili oleh bangunan keraton—sebagai tempat aktivitas kehidupan manusia; dan laut sebagai tempat pembuangan akhir dari segala sisa di bumi yang hanyut dan dihanyutkan ke laut. Penciptaan sumbu atau poros imajiner ini selaras dengan konsep Tri Hitta Karana dan Tri Angga (Parahyangan– Pawongan–Palêmahan atau Hulu–Tengah–Hilir serta nilai Utama–Madya–Nistha).
Secara simbolis-filosofis, poros imajiner melambangkan keselarasan dan keseimbangan hubungan manusia dengan Tuhannya (Hablun min Allah), manusia dengan manusia (Hablun min annas) maupun manusia dengan alam—termasuk lima anasir pembentuknya, yakni api (dahana) dari Gunung Merapi; tanah (bantala) dari bumi Ngayogyakarta dan air (tirta) dari Laut Selatan; angin (maruta); dan akasa (ether). Tiga unsur yang menjadikan kehidupan, yaitu fisik, tenaga dan jiwa, juga telah tercakup di dalam filosofis sumbu imajiner tersebut.
Pangeran Mangkubumi, atau Sri Sultan Hamengku Buwana I beragama Islam. Dia menyandang gelar Sayidin Panatagama Kalifatullah. Maka, konsep filosofi sumbu imajiner yang Hinduistis dia ubah menjadi konsep filosofi Islam Jawa dalam konsep “Hamêmayu Hayuning Bawana”, dan “Manunggaling Kawula lan Gusti”.
Sumbu Kosmologis Yogyakarta sendiri diwakili oleh tiga penanda, yaitu Tugu Golong-Gilig, Keraton, dan Panggung Krapyak. Posisi ketiganya berada dalam satu garis lurus.
