Syekh Datuk Kahfi adalah putra dari seorang ulama besar bernama Syekh Datuk Ahmad. Sedangkan Syekh Datuk Ahmad adalah putra dari Maulana Isa, seorang tokoh agama yang berpengaruh pada zamannya. Syekh Datuk Ahmad mempunyai adik bernama Syekh Datuk Sholeh, ayahanda dari Syekh Siti Jenar atau Abjul Jalil.
Naskah Naga Rakretabhumi, Carita Purwaka Caruban Nagari, dan Babad Cerbon menunjukkan bahwa Syekh Nurjati memiliki nasab langsung dengan Nabi Muhammad Saw. menurut naskah tersebut, urut-urutan silsilahnya sebagai berikut: Nabi Muhammad Saw – Sayyidah Fatimah az-Zahra dan Ali bin Abi Thalib – Imam Husain –Imam Ali Zainal Abidin – Muhammad al-Baqir – Imam Ja’far ash-Shadiq – Ali al-Uraidi –Muhammad al-Naqib – Isa al-Rumi – Ahmad al-Muhajir – Ubaidillah – Alawi – Muhammad – Alawi – Ali Khali’ Qosam – Muhammad Shahib al-Mirbath – Sayyid Alawi – Sayid Abdul Malik al-Gujarati – Sayid Amir Abdullah Khanaddin – Sayid Abdul Qadir – Syekh Datuk Isa Tuwu Malaka – Syekh Datuk Ahmad – Syekh Datuk Kahfi
Gelar Syekh Datuk yang disandang Syekh Nurjati adalah gelar warisan dari kakeknya, Syekh Datuk Isa Tuwu al-Malaka. Secara geneologis, Syekh Quro dan Syekh Nurjati adalah saudara seketurunan, dari garis Amir Abdullah Khanudin generasi keempat.
Syekh Quro datang terlebih dahulu ke tanah Jawa bersama rombongan Angkatan Laut China dari Dinasti Ming, ketika dinasti tersebut dipimpun oleh Kaisar Yung Lo atau Kaisar Cheng-Tu. Sedangkan armada Angkatan Laut yang ditumpangi Syekh Quro dipimpin oleh Laksamana Cheng Ho alias Sam Po Tay Kam. Mereka mendarat di Muara Jati pada tahun 1416 M.
Sedangkan menurut sejarawan Uka Tjandrasasmita, dalam Arekologi Islam Nusantara, Syekh Datuk Kahfi dan rombongannya tiba di Pelabuhan Muara Jati, Cirebon pada 1420—atau 4 tahun setelah kedatangan Syekh Quro. Dia diketahui membawa serta 20 laki-laki dan dua perempuan dalam perjalanan dakwahnya.
Syekh Datuk Kahfi langsung diterima dengan baik oleh Juru Labuhan Ki Gedeng Jumajanjati (sumber lain menyebut Ki Gedeng Tapa). Dia diberi tempat bermukim di Giri Amparan Jati. “Mereka diterima dengan baik, diberikan tempat, dan dimuliakan oleh Ki Gedeng Jumajanjati,” tulis Uka Tjandrasasmita.
Naskah Nagarakretabhumi Sarga IV memaparkan bahwa, di waktu muda, Syekh Nurjati atau Datuk Kahfi meninggalkan negeri kelahirannya di Malaka untuk menuntut ilmu di Baghdad. Di Irak sana dia menikah dengan salah seorang bibi pemimpin Baghdad, Sultan Sulaiman, bernama Syarifah Halimah. Setelah itu, Datuk Kahfi meninggalkan Baghdad menuju ke Jawa, yang ketika itu penduduknya belum memeluk Agama Islam. Dia memilih pangkalan dakwah di Gunung Amparan Jati, tidak jauh dari pelabuhan Muara Jati, yang masuk dalam wilayah Kerajaan Pajajaran.
Di Gunung Amparan Jati dia menerima murid dari berbagai kalangan. Di antara murid-muridnya yang terkenal adalah Pangeran Walangsungsang dan Nyai Lara Santang. Keduanya adalah putra dan putri Raja Pajajaran Prabu Siliwangi dari hasil pernikahan dengan Nyai Subang Larang, putri Ki Gedeng Tapa. Nyi Subang Larang juga sempat menjadi murid Syekh Hasanuddin Quro Karawang. Gerakan dakwah Syekh Nurjati dan Syekh Quro terjalin harmonis dan saling membantu satu sama lain.
