Supatmo dan SP Agustani dalam jurnal berjudul Seni Bangun Masjid Menara Kudus Representasi Akulturasi Budaya, mengatakan, Masjid Menara Kudus merupakan satu-satunya masjid buatan Wali Songo yang mempunyai menara dan dibangun sezaman dengan pembangunan masjidnya. Menara tersebut terdiri atas tiga bagian, yaitu kaki, badan, dan kepala atau atap, persis gaya bangunan Hindu.
Andanti Puspita Sari Pradisa dalam tulisannya, Perpaduan Islam dan Hindu dalam Masjid Menara Kudus, menerangkan bahwa bagian kaki menara terdiri atas ornamen-ornamen bercorak Hindu. Pada badan bangunan terdapat ruang kecil berukuran 1,4 x 0,85 meter. Relung ini mirip dengan yang ada pada bangunan pura atau candi. Hanya saja, relung menara masjid ini dibiarkan kosong.
Pada bagian kepala menara ada sebuah ruangan yang ditopang 16 tiang. Di sana terdapat bedug yang menghadap utara-selatan. Bedug ini berfungsi sebagai panggilan shalat bagi umat Muslim. Adanya bedug di bagian kepala menara disebut menyerupai konsep peletakan kentongan di bawah atap Bale Kulkul di Bali.
Mengutip laman Menara Kudus, menara setinggi 17 meter tersebut disusun dari batu bata tanpa bahan perekat. Bagian kaki menara menyerupai Candi Jago di Singasari, sedangkan tubuh hingga atapnya menyerupai Menara Kulkul di Bali. Puncak menara berupa ruangan mirip pendopo berlantaikan papan.
Saat ini menara masjid tersebut berfungsi sebagai tempat memukul bedug setiap datang waktu shalat. Berbeda dari candi yang umumnya menghadap ke arah gunung—biasanya ke utara atau selatan—Menara Kudus sengaja dibangun menghadap barat atau kiblat.
Pintu gerbang Masjid Menara Kudus didesain menyerupai candi belah atau Candi Bentar. Meski secara umum bangunan Masjid Menara Kudus kental aroma Hindu, namun ornamen masjid sangat kental dengan unsur-unsur Arab dan Islam. (Foto Masjid Menara Kudus lihat pada foto utama)
Masjid Menara Kudus memiliki sepuluh pintu di kanan dan kiri masjid. Jendelanya ada empat. Ada delapan tiang besar di dalam masjid yang terbuat dari kayu jati. Di samping masjid terdapat kolam berbentuk padasan atau bak air dari susunan bata merah. Padasan tersebut berguna untuk tempat wudhu. Pintu gerbang Masjid Menara Kudus juga didesain menyerupai candi belah.
Meski secara umum bangunan Masjid Menara Kudus kental aroma Hindu, namun secara ornamen masjid itu sangat kental dengan unsur-unsur Arab dan Islam. Ornamen berunsur Arab dan Islam itu, salah satunya, dapat ditemukan di padasan atau bak air yang ada di samping bangunan masjid. Padasan terbuat dari susunan bata merah tanpa pelester. Di bagian bawahnya terdapat ornamen pola anyaman simpul (Arabesque) dengan bahan batu putih. Ornamen tersebut mengisi panil-panil pada bagian dinding padasan yang berjumlah 18. Pola ornamen simpul ini juga dapat ditemukan di sejumlah tempat, seperti Masjid Agung Demak dan Masjid Mantingan di Jepara.
