Trauma Perang Jawa
Beberapa catatan sejarah menyebut bahwa sikap anti dan curiga terhadap pesantren ada dalam benak dari setiap orang Belanda. Mereka membenci orang Muslim karena khawatir akan potensi kemunculan kekuatan besar dari umat Islam di Indonesia yang bisa menggoyahkan supremasi kolonial mereka.
Belanda khawatir bakal terjadi pemberontakan-pemberontakan yang berangkat dari semangat beragama, sebagaimana yang terjadi ketika kaum Muslimin di bawah pimpinan Pangeran Diponegoro mengobarkan Perang Jawa pada tahun 1825-1830.
Maka dari itulah, agar peristiwa Perang Jawa tak terulang lagi, Snouck Hurgronje tekun mengamati perkembangan Islam di Indonesia, untuk mencari jalan yang “paling pas” untuk melemahkan orang Islam.
Menurut hasil pengamatannya, perkembangan peribadatan masyarakat Muslim tidak bisa hindari. Maka dari itu, “Masyarakat tetap dibebaskan untuk beribadah, tetapi yang perlu diawasi adalah pendidikannya. Sebab, melalui pendidikan seperti pesantrenlah sikap anti kolonial akan diajarkan,” kata Snouck Hurgronje, sebagaimana ditulis Harry J. Benda.
Dikutip dari tulisan Untung dalam Kebijakan Penguasa Kolonial Belanda Terhadap Pendidikan Pesantren. Forum Tarbiyah, Vol. 11, No. 1, Juni 2013, atas usulan Snouck Hurgronje, Pemerintahan Hindia Belanda mengeluarkan kebijakan khusus untuk melawan masyarakat pribumi dari kalangan pesantren.
Dengan kebijakan-kebijakan tersebut, mereka mempropagandakan narasi untuk memisahkan antara Islam sebagai agama dan Islam sebagai doktrin politik. Islam hendak dipisahkan dari masyarakat. Proyek sekularisasi dimulai.
