Selain itu, menurut Subroto, banyak di antara guru agama waktu itu yang tidak bisa membaca huruf latin, sedangkan yang bisa pun sangat jarang yang punya mesin tulis untuk mengisi sekian lembar daftar laporan.
Choirul Anam, dalam Pertumbuhan dan Perkembangan NU, (2010), mencatat bahwa kebijakan tersebut menghambat praktik pembelajaran setiap harinya—terutama di lingkungan pesantren—karena para kiai dan ustadz harus membuat perizinan yang prosesnya tidak mudah. Para kiai dan ustadz saat itu pun melihat kebijakan tersebut merupakan upaya menghambat perkembangan pembelajaran agama Islam. Apalagi Ordonansi Guru ditujukan kepada tokoh dan guru agama yang dinilai menentang Pemerintah Kolonial.
Belanda menerbitkan Ordonansi Guru kedua pada tahun 1925. Amandemen kebijakan ini kian mempersempit gerak pendidikan Islam.
Dalam Ordonansi tersebut, Pemerintah Kolonial Belanda mengeluarkan kebijakan di mana tidak semua kiai dan ustadz diperbolehkan memberikan pengajaran agama Islam.
Anisatul Khoir Aprilia, dalam Peran Nahdlatul Ulama dalam Pergerakan Nasional Indonesia Tahun 1926-1945, (skripsi Universitas Jember, 2017), mencatat, Pengasuh Pondok Pesantren Tebuirang, Jombang, KH. Hasyim Asy’ari, menentang kebijakan tersebut. Kiai Hasyim, bersama ulama pesantren di Jawa dan Madura, pun mendorong agar kebijakan tersebut dihapus. Gerakan penentangan juga terjadi di Sumatera, yang dipimpin oleh ulama-ulama pesantren.
Sementara itu, di sisi lain, Ordonansi Guru ini dipatuhi oleh beberapa lembaga pendidikan yang sudah tertata secara administratif, seperti Taman Siswa yang dipimpin oleh Ki Hajar Dewantara dan Muhammadiyah yang dipimpin oleh KH. Ahmad Dahlan.
Sedangkan bagi ulama pesantren, kebijakan tersebut dipandang sebagai upaya politik Pemerintah Hindia Belanda untuk menghilangkan tradisi keilmuan Islam. Juga agar peran ulama tak lagi dipandang oleh masyarakat.
Sebagai bentuk perlawanan terhadap kebijakan tersebut, pesantren tetap menjalani kegiatan pengajian seperti biasanya, tanpa menghiraukan Ordonansi Guru.
