Salah satu metode Cristiaan Snouck Hurgronje untuk melemahkan Islam di Nusantara adalah mengembangkan metode pendidikan ala Eropa yang diaplikasikan dalam sekolah-sekolah modern. Upaya sistematis untuk proyek westernisasi dan sekularisasi di Hindia Belanda, yang dampaknya masih sangat nyata di Indonesia saat ini.
Dalam buku Politik Islam Hindia Belanda (1985), Aqib Suminto mengupas pemikiran dan nasihat-nasihat Snouck Hurgronje kepada Pemerintah Kolonial Belanda dalam proyek penaklukan Islam. Salah satu strateginya adalah menjalankan proyek ‘pembaratan’ atau westernisasi kaum elite pribumi melalui dunia pendidikan. Tujuannya agar pribumi Nusantara menjauh dari Islam.
“Terhadap daerah yang Islamnya kuat semacam Aceh, misalnya, Snouck Hurgronje tidak merestui dilancarkan Kristenisasi. Untuk menghadapi Islam, ia cenderung memilih jalan halus, yaitu dengan menyalurkan semangat mereka ke arah yang menjauhi agamanya (Islam) melalui asosiasi kebudayaan,” tulis Aqib, di halaman 24 bukunya.
Snouck menganggap Islam dengan lembaga pendidikannya—yaitu pesantren—sebagai ancaman bagi eksistensi Pemerintah Hindia Belanda. Terutama mengancam kebijakan keamanan dan ketertiban (rust en orde) dan keberlanjutan penjajahan mereka di Nusantara.
Snouck yakin bahwa pendidikan ala Barat akan mampu melunturkan pengaruh Islam. Untuk itulah dia menyarankan agar Belanda mencekoki pelajar Bumi Putra dengan sejarah versi mereka: sejarah yang menggambarkan supremasi Belanda atas bangsa pribumi. Demi menjalankan proyek tersebut, Pemerintahan Hindia Belanda secara terstruktur, sistematis, dan massif terus berupaya mengurangi dan mengalahkan pengaruh pendidikan Islam di Indonesia.
Sementara Harry J. Benda, dalam bukunya, Bulan Sabit dan Matahari Terbit Islam Indonesia pada Masa Pendudukan Jepang (1985), menulis, Pemerintah Hindia Belanda menganggap bahwa pengaruh pendidikan Islam sebagai lembaga pendidikan asli Nusantara akan tergeser ketika dihadapkan dengan model sekolah yang “dibentuk sesuai kebutuhan zaman” dan lekat dengan kebudayaan Barat.
