Sementara dalam Serat Siti Djenar (1922), diungkapkan bahwa Syekh Siti Jenar dihukum mati bukan karena ajaran manunggaling kawula-Gusti dianggap sesat, melainkan karena kesalahannya mengajarkan ajaran rahasia itu kepada masyarakat umum secara terbuka. Fakta ini sebagaimana diungkapkan dalam dialog antara Syekh Siti Jenar dengan Sunan Giri dalam Serat Siti Djenar, yang artinya sebagai berikut:
Syekh Siti Jenar berujar, “Untuk apa kita membuat bingung, mempersulit ilmu?” Sunan Giri lantas menyela, “Benar apa yang telah Anda katakan, tetapi itu merupakan kesalahan yang lebih besar, karena telah berani membuka ilmu rahasia dengan tidak sepantasnya. Hakikat Tuhan diajarkan langsung tanpa ditutup–tutupi. Itu tindakan kurang bijaksana. Seharusnya ilmu itu hanya diberikan kepada mereka yang telah matang ilmunya dan tidak kepada setiap orang.”
Sedangkan manuskrip Caruban Nagari karya Pangeran Wangsakerta, yang ditulis pada 1970, menyebut, kendati Syekh Siti Jenar dianggap sesat, namun para pengikutnya tetap yakin bahwa manunggaling kawula-Gusti tidak menyimpang. Menurut para pengikutnya, Syekh Siti Jenar tidak pernah menyebut dirinya sebagai Tuhan. Dalam ajaran Siti Jenar, manunggaling kawula-Gusti bermakna bahwa di dalam diri manusia terdapat roh yang berasal dari roh Tuhan. Hal ini sesuai dengan QS. Shad: 71-72, yang menerangkan tentang penciptaan manusia.
Sementara dari cerita tradisi di kalangan pengikut Tarekat Akmlaiyah—tarekat yang bersanad kepada Syekh Siti Jenar—disebutkan bahwa salah seorang murid Syekh Siti Jenar bernama Ki Danghyang Nirartha menjadi pendeta besar di negeri Bali yang mengajarkan paham manunggaling kawula-Gusti kepada orang-orang Hindu dan Buddha di Bali.
Kendati ajarannya dianggap menyimpang, banyak yang menunjukkan rasa simpati dan membenarkan pendapat-pendapat Syekh Siti Jenar. Dalam Serat Centini diceritakan, setelah tiga hari wafatnya, para wali melihat jenazah Syekh Siti Jenar masih utuh, bagus, dan berbau harum. Dari jenazah tersebut terdengar suara ucapan salam dan ungkapan selamat tinggal. Syekh Siti Jenar juga mendoakan agar para wali dan Sultan mendapat berkah dan hidayah sepeninggalnya.
Para wali pun tidak menemukan kesalahan teologi dalam ajaran manunggaling kawula-Gusti—yang juga disebut ajaran sasahidan—yang diajarkan Syekh Siti Jenar. Dasar ajaran sasahidan itu tampaknya berkaitan dengan ajaran tasawuf al-Hallaj dan Ibnu Arabi, yaitu ajaran yang didasarkan pada keyakinan bahwa di dalam diri manusia sebagai ciptaan (khalq) tersembunyi anasir Yang Ilahi (Haqq). Ajaran ini beradasrkan dalil yang menyatakan bahwa Allah telah meniupkan (nafakhtu) sebagian ruh-Nya (rûhi) ke dalam diri manusia pertama (Adam) yang dicipta dari tanah (QS. Shâd: 72).
Dalam ilmu tasawuf, roh Ilahi di dalam diri Adam itulah yang disebut sebagai Rûh al-Haqq, yang menjadi penyebab seluruh malaikat bersujud kepada Adam. Sementara dalam Hadits Qudsi disebutkan bahwa Allah Swt. berfirman, yang artinya: Aku tidak mungkin berada di langit dan bumi-Ku, tetapi Aku bisa berada di dalam kalbu hamba-Ku yang beriman.
Hadits ini menunjukkan keberadaan anasir Yang Ilahi (al-Haqq) di dalam ciptaan (khalq). Bahkan, sebutan Prabu Satmata, salah satu julukan Syekh Siti Jenar, menunjuk kepada sebutan Yang Ilahi. Julukan ini berhubungan dengan ajaran al-Hallaj tentang “Ana al-Haqq” yang dianggap sesat. Namun, pada kenyataannya, gelar ini justru merupakan gelar formal yang disandang Sunan Giri.
