Pada 27 September 2022, Masyarakat Anti-Korupsi Indonesia (MAKI) mengungkap sejumlah foto ketika Lukas tengah berjudi di tiga negara. Untuk mengklarifikasi foto yang beredar itu, pengacara Lukas lainnya, Aloysius Renwarin, menjelaskan bahwa kliennya bermain judi untuk hiburan.
Pada 3 November 2022, Ketua KPK Firli Bahuri bersama tim penyidik dan Ikatan Dokter Indonesia (IDI) datang ke kediaman Enembe untuk memeriksanya. Upaya “jemput bola” yang dilakukan Firli ini menuai pro-kontra.
Momentum ini dipandang sebagian kalangan sebagai “sejarah baru”, di mana Ketua KPK jemput bola menemui tersangka kasus korupsi. Firli mengaku bertemu dengan keluarga Lukas dan, “Saya sempat rangkulan dengan kakak perempuan beliau dengan hangat penuh kekeluargaan.” Firli juga berjabat tangan dengan Lukas. Gestur antara Firli dengan Lukas dan keluarga itu dinilai tidak wajar dalam relasi antara Ketua KPK dan tersangka kasus korupsi yang sedang ditanganinya.
Kendati gagal membawa Lukas, KPK terus memproses kasusnya. Pada 5 Januari 2023, KPK menetapkan Direktur PT Tabi Bangun Papua—sebuah perusahaan konstruksi—Rijatono Lakka sebagai tersangka dan menahannya. Rijatono disangka memberi suap kepada Lukas Enembe.
Setelah menahan Rijatono, pada 10 Januari 2023 KPK menangkap Lukas ketika sedang berada di sebuah rumah makan di Kota Jayapura, Papua. Menurut Firli Bahuri, sebelum penangkapan, timnya mendapat informasi bahwa Enembe akan berangkat ke Mamit Tolikara pada Selasa, 10 Januari 2023. Keberangkatan itu diduga sebagai cara Enembe untuk kabur dari Indonesia.
Setelah ditangkap, Lukas dibawa ke Mako Brimob Polda Jayapura untuk diperiksa sebelum dibawa ke Jakarta. Saat di markas Brimob itulah terjadi kericuhan. Massa simpatisan Lukas Enembe melempar batu arah personel Brimob. Dua simpatisan dibekuk polisi.
Ketika Lukas berada di Bandara Sentani untuk dibawa terbang ke Jakarta, massa simpatisannya memaksa masuk ke landasan pesawat, disertai aksi perusakan. Bentrokan pun terjadi antara massa dengan petugas gabungan Polri.
Massa menyerang petugas dengan batu dan panah. Polisi membalasnya dengan tembakan peringatan, namun tidak dihiraukan oleh massa. Polisi terpaksa melumpuhkan massa dengan tembakan terarah. Lima orang dari massa simpatisan menderita luka dan seorang tewas.
Setelah tiba di Jakarta, Enembe dibawa ke Rumah Tahanan (Rutan) KPK di Pomdam Guntur Jaya, Jakarta. Namun, sehari kemudian, 11 Januari 2023, dia dibantarkan ke Rumah Sakit Pusat Angkatan Darat (RSPAD) Gatot Soebroto karena, menurut Pengacara Petrus Balla Pattyona, Enembe masih dalam keadaan sakit saat ditangkap di rumah makan di Jayapura. Namun tak lama dia dibantarkan. Setelah itu Lukas kembali dibawa ke Rutan KPK.
