Komandan Jenderal Kopassus
Pada bulan Desember 1995, Prabowo diangkat sebagai komandan jenderal Kopassus dengan pangkat mayor jenderal. Sebagai komandan jenderal, salah satu tugas pertama Prabowo adalah operasi pembebasan sandera Mapenduma.
Kopassus, terutama Sat-81/Gultor yang pernah dipimpin langsung oleh Prabowo, memiliki pengalaman dalam menangani operasi pembebasan sandera; yang paling dikenang adalah keberhasilan menyelamatkan penumpang Garuda DC-9 Woyla di Bangkok pada 1981.Operasi ini berhasil menyelamatkan sepuluh dari dua belas orang peneliti ekspedisi Lorentz 95 yang diculik oleh gerilyawan Organisasi Papua Merdeka (OPM).
Meskipun diwarnai oleh insiden penembakan komandan Sat-81 oleh anak buahnya sendiri, namun operasi ini dianggap berhasil menyelamatkan nyawa para peneliti yang berkebangsaan Indonesia, Inggris, Belanda, dan Jerman.Pada 26 April 1997, tim pendaki Indonesia yang terdiri atas anggota Kopassus, Wanadri, FPTI, dan Mapala UI berhasil menaklukkan puncak Gunung Everest, gunung tertinggi di dunia, dan mengibarkan bendera Merah Putih di sana. Misi ini didukung dan diprakarsai langsung oleh Prabowo sebagai komandan jenderal Kopassus.
Pada 20 Maret 1998, Prabowo diangkat menjadi Panglima Komando Cadangan Strategis Angkatan Darat, jabatan yang pernah disandang ayah mertuanya Presiden Soeharto. Pengangkatan ini terjadi hanya sepuluh hari setelah Majelis Permusyawaratan Rakyat memilih Soeharto untuk periode kelima sebagai presiden. Sebagai panglima Kostrad, Prabowo membawahi sekitar sebelas ribu pasukan cadangan ABRI.
Sebagai panglima, Prabowo meminta Panglima Angkatan Bersenjata Jenderal Wiranto agar diizinkan untuk menggerakkan pasukan cadangannya dari luar Jakarta untuk membantu meredam kerusuhan Mei 1998. Meskipun permintaan ini kemudian ditolak oleh Wiranto, Prabowo diduga menerbangkan ratusan orang yang telah dilatih oleh unit-unit Kopassus di bawah pengawasannya di Timor Timur dari Dili menuju Yogyakarta, kemudian menuju Jakarta menggunakan kereta api.
Menurut beberapa sumber, Prabowo juga dimintai pertolongan oleh Mayor Jenderal Sjafrie Sjamsoeddin, Panglima Komando Operasi Jakarta Raya, untuk mengirimkan pasukan mengamankan ibu kota. Permintaan ini dipenuhi oleh Prabowo dengan mengirimkan serdadu Kostrad untuk mengamankan beberapa bangunan penting, seperti rumah dinas Wakil Presiden B.J. Habibie di Kuningan. Prabowo berperan membujuk Amien Rais, salah satu tokoh pemimpin gerakan reformasi, untuk membatalkan rencana digelarnya doa bersama di kawasan sekitar Monas untuk alasan keamanan
Diberhentikan dari Dinas Militer
Presiden Soeharto mengumumkan pengunduran dirinya pada tanggal 21 Mei 1998. Penggantinya, Habibie, dilantik pada hari yang sama. Pada siang harinya, Prabowo menemui Habibie dan meminta agar dirinya ditunjuk sebagai Panglima ABRI menggantikan Wiranto. Justru, Habibie memberhentikan Prabowo dari jabatannya sebagai panglima Kostrad. Prabowo yang berangkat mendatangi Istana Negara, namun dihalangi untuk bertemu presiden. Ia kemudian memerintahkan agar istana dikelilingi oleh tank dan serdadu Kostrad.
Prabowo digantikan oleh Jenderal Johny Lumintang, yang hanya menjabat selama tujuh belas jam sebelum digantikan oleh Letnan Jenderal Djamari Chaniago. Setelah diberhentikan, Prabowo menemui ayah mertuanya Soeharto, yang justru tidak mendukungnya. Ia akhirnya menerima penugasan sebagai komandan Sekolah Staf dan Komando ABRI di Bandung, menggantikan Letnan Jenderal Arie J Kumaat.
Pada 14 Juli 1998, Panglima ABRI membentuk sebuah Dewan Kehormatan Perwira yang diketuai oleh Jenderal Subagyo Hadi Siswoyo dan dianggotai oleh enam orang letnan jenderal: Fachrul Razi (wakil ketua); Djamari Chaniago (sekretaris); Arie J. Kumaat; Agum Gumelar; Susilo Bambang Yudhoyono; dan Yusuf Kartanegara.
