Alwi Shihab
PKB sebenarnya sudah dipimpin Alwi Shihab sejak 15 Agustus 2001, menggantikan Matori Abdul Djalil yang dipecat. Alwi kemudian terpilih menjadi Ketua Umum PKB secara definitif dalam Muktamar Luar Biasa (MLB) di Yogyakarta pada 20 Januari 2002.
MLB tersebut digelar karena kubu Matori Abdul Djalil juga menggelar MLB di Jakarta dan mengangkat Matori sebagai Ketua Umum PKB. Namun, MA akhirnya mengesahkan PKB Alwi Shihab. Doktor lulusan Universitas Ain Syam, Mesir,dan Universitas Temple, Amerika Serikat ini memimpin PKB hingga 25 Mei 2005.
Awalnya Alwi didukung Gus Dur. Tetapi, pada akhirnya Alwi bernasib sama dengan Matori. Dia dipecat dari jabatan ketua umum. Alwi dan Sekjen PKB, Syaifullah Yusuf, dipecat karena masuk kabinet Indonesia Bersatu pimpinan Presiden Susilo Bambang Yudhoyono (SBY). Alwi menjabat sebagai Menko Kesra, sementara Syaifullah menjadi Menteri Pembangunan Daerah Tertinggal. Keduanya diberhentikan karena PKB ingin mempertahankan tradisi mereka, di mana tidak boleh ada pengurus yang rangkap jabatan.
Alwi Shihab sempat menggugat pemecatannya secara perdata. Namun, saat proses hukum sedang berjalan, DPP PKB menyelenggarakan Muktamar II di Semarang, pada April 2005. Muktamar itu memilih Muhaimin Iskandar sebagai ketua umum.
Meski akhirnya pemecatan Alwi Shihab dianggap MA tidak sah, namun keputusan tersebut hanya bersifat deklaratoir.Maka, permohonan Alwi Shihab agar dipulihkan harkat, martabat, serta kedudukan seperti semula ditolak. Sebab, pembatalan SK DPP PKB tentang pemberhentian Alwi Shihab tidak memiliki kekuatan eksekutorial. Akhirnya Ketua Umum PKB tetap Muhaimin Iskandar.
