Buku Sejarah Sunan Muria, karya Drs. H. Anasom M.Hum DKK, terbitan UIN Walisongo Semarang dan YM2SM Kudus (2018) menjelaskan bahwa Sunan Muria adalah saudara Sunan Kudus. Pendapat ini didukung oleh Habib Lutfi bin Yahya, selaku Pembina Pemangku Makam Auliya’ se-Jawa. Habib Lutfi menyatakan bahwa Sunan Muria merupakan keturunan sayyid, putra dari Sayid Usman Haji putra Raden Santri atau Ali Murtadho, putra Ibrahim Asmoroqondi. Meski demikian, Habib Luthfi berpendapat bahwa Sayid Usman Haji, ayah Sunan Muria, memiliki nama lain Sunan Mandalika, bukan Sunan Ngudung sebagaimana yang populer di masyarakat.
Tentang hubungan Sunan Muria dengan Sunan Kalijaga sebagai anak dan ayah tampaknya lebih didukung oleh data historis dibanding pendapat yang menyebut bahwa Sunan Muria adalah putra Sunan Ngudung. Dalam silsilah keturunan Sunan Muria, misalnya, diketahui bahwa salah seorang putranya yang bernama Pangeran Santri dikenal dengan gelar Sunan Adilangu, dan Adilangu adalah kediaman Sunan Kalijaga.
Selain itu, menurut sumber silsilah yang diperoleh dari pihak Sunan Muria maupun Sunan Kalijaga, terdapat urut-urutan nama-nama keturunan yang sama, seperti Panembahan Pengulu Jogodipo, Panembahan Reksokusumo (Pangeran Ageng), Pangeran Wongsokusumo (Seda Kambang), Pangeran Joko kusumo alias Hartokusumo yang berputra tiga orang. Sementara dalam silsilah Sunan Ngudung tidak ditemukan urut-urutan nama keturunan Sunan Muria yang sama, sebagaimana silsilah Sunan Kalijaga.
Sementara itu, menurut hasil kajian Tim Peneliti UIN Wali Songo Semarang, untuk menemukan dan menggali ajaran Sunan Muria tidaklah mudah. Sebab, tidak ditemukan bukti-bukti tertulis yang ditulis langsung oleh Sunan Muria, atau yang dinisbatkan kepadanya.
Meski demikian, ada beberapa karya yang dipandang merepresentasikan watak keislaman yang ada pada masa Sunan Muria. Salah satunya adalah Buku Sunan Bonang (Het Book van Bonang). Karya ini, sebagaimana dimuat Poerbatjarakan dalam Kepustakaan Djawa, menyatakan bahwa sumber rujukannya adalah kitab Ihya’ Ulumuddin karya al-Ghazali (w. 555 H/1111 M).
Inti ajaran tasawuf yang dikembangkan Sunan Bonang sepertinya juga menjadi bagian dari nalar keagamaan yang digunakan Sunan Muria dalam dakwahnya. Apalagi dalam cerita sejarah dinyatakan bahwa Sunan Bonang adalah guru Sunan Muria. Bahkan, Habib Lutfi bin Yahya menyatakan bahwa Sunan Muria merupakan Sultan Auliya pengganti (wali badal) Sunan Bonang. Menurut Habib Lutfi, Sunan Muria merupakan Mursyid al-Kamil dalam dunia ketarekatan, serta berafiliasi dengan Tarekat Naqsyabandi dari jalur Sunan Bonang.
