Kisah-kisah Sunan Muria dalam menuntut ilmu tidak didukung sumber tertulis. Jejaknya menuntut ilmu lebih didasarkan kepada cerita-cerita lisan bersifat legenda. Namun, dari cerita-cerita legenda itu, terdapat kemiripan antara kisah Sunan Muria dengan Sunan Kalijaga. Misalnya, Sunan Kalijaga dikisahkan bersemadi di pinggir sungai selama bertahun-tahun sampai tubuhnya ditumbuhi semak-belukar, demikian pula Sunan Muria, juga dikisahkan telah melakukan tapa ngeli—bersemadi dengan menghanyutkan diri di sungai.
Tapa ngeli dimaknai sebagai olah jiwa dengan cara mengasingkan diri atau uzlah sembari menghanyutkan diri di sungai. Laku suluk ini juga masyhur diamalkan oleh Sunan Kalijaga atas titah Sunan Bonang, sebagai bentuk suluk dalam menggapai ketenangan batin dan penyucian jiwa. Jadi, jika ditarik dari aspek mata-rantai intelektual, dapat dikatakan bahwa baik Sunan Kalijaga maupun Sunan Muria merupakan murid Sunan Bonang. Habib Luthfi bin Yahya juga menyatakan bahwa Sunan Muria adalah mursyid pengganti (badal) dari tarekat yang dianut oleh Sunan Bonang dan mendapatkan julukan sebagai al-Mursyid al-Kamil—Pembimbing Spiritual yang Paripurna.
Jejak laku tapa ngeli Sunan Muria secara jelas terekam dalam cerita tutur masyarakat Desa Ternadi, di lereng Gunung Muria. Meski ada pula keyakinan yang berkembang di masyarakat bahwa laku tapa ngeli yang dikisahkan berlangsung di Kaliyetno Desa Ternadi dilakukan oleh Sunan Kalijaga saat masih bernama Bandar Lokajaya—saat ini situs Kaliyetno tersebut masih bisa kita saksikan—namun masyarakat lereng Gunung Muria juga meyakini bahwa ajaran tapa ngeli juga erat kaitannya dengan ajaran mistik yang diamalkan Sunan Muria dan para pengikutnya.
Setidaknya ada tiga pengertian terkait istilah tapa ngeli yang diamalkan Sunan Muria maupun Sunan Kalijaga. Pertama, tapa ngeli dimaksudkan sebagai bagian dari laku tirakatan bersifat jasmani, dengan cara menghanyutkan badan atau wadag di aliran sungai. Lelakon ini dapat diartikan sebagai bentuk pengasingan diri serta pengosongan batin dengan tujuan untuk mendapatkan ilham atau pengetahuan sejati. Bisa juga dimaknai agar pancaran nur ilahiyah dapat masuk ke dalam hati nurani, sehingga gerak langkah badan dan jiwa selaras dengan kehendak Allah.
Kedua, tapa ngeli menyiratkan adanya totalitas dalam mengabdi di masyarakat, berbaur serta berakulturasi di dalamnya tanpa harus terseret arus dinamika sosial yang terjadi di dalamnya. Ngeli berarti “menghanyutkan diri”, dan keli adalah “terbawa arus” dan tidak mampu mengontrol dan menguasi diri. Jelas dua makna yang berbeda substansinya. Jadi, maksud dari filosofi ngeli adalah, modal utama dalam menjalankan pengabdian di masyarakat adalah dengan mengekang diri agar nafsu yang cenderung mengajak pada dimensi negatif dan merusak dapat dikontrol dengan bijak—sehingga ikhtiar menata masyarakat agar menjadi lebih baik dapat terwujud.
Ketiga, laku tirakatan ini juga dapat diartikan sebagai laku batin untuk melatih jiwa agar mudah menerima segala kehendak Yang Kuasa (nerima ing pandum) dan selalu mawas diri dalam menghadapi ragam perubahan zaman, tanpa harus hanyut terseret di dalamnya. Laku ini membimbing manusia untuk menyadari dirinya bahwa dia adalah mahluk yang lemah, mengalir mengikuti irama kehendak Tuhan, lembah manah (rendah hati), dan ora kemaki (tidak sombong).
Dalam konteks keilmuan, bisa dihimpun hipotesa bahwa Sunan Muria mempelajari ilmu pengetahuan agama maupun cara-cara dakwah dari ayahnya sendiri, yaitu Sunan Kalijaga. Namun, ada juga sumber cerita lisan tentang Maling Kapa, di mana salah satu bagiannya menuturkan bahwa Sunan Muria pernah berguru kepada Sunan Ngerang atau Ki Ageng Ngerang, bersama-sama dengan Sunan Kudus dan Adipati Pathak Warak serta dua bersaudara Kapa dan Gentiri.
Dalam periode berguru kepada Sunan Ngerang itu, dikisahkan bahwa suatu saat Sunan Ngerang mengadakan syukuran untuk putrinya, Dewi Roroyono, yang usianya genap dua puluh tahun. Para murid Sunan Ngerang, seperti Sunan Muria, Sunan Kudus, Adipati Pathak Warak dari Mandalika Jepara, Kapa dan adiknya, Gentiri, diundang untuk hadir.
Ketika Dewi Roroyono dan adiknya, Roro Pujiwati, keluar menghidangkan makanan dan minuman, Adipati Pathak Warak terpesona oleh kecantikan putri gurunya itu. Dia memandang Dewi Roroyono dengan mata tidak berkedip. Putri Sunan Ngerang itu membuat Adipati Pathak Warak tergila-gila sehingga melakukan tindakan tidak pantas itu. Pada malam harinya setelah acara, Dewi Roroyono dia bawa lari ke Mandalika.
Sunan Ngerang yang mendapati putrinya diculik Pathak Warak berikrar akan menikahkan putrinya itu dengan siapa pun yang berhasil membawanya kembali. Setelah melalui berbagai rintangan yang berat—termasuk melumpuhkan Adipati Pathak Warak, membinasakan Kapa dan Gentiri yang berkhianat— Raden Sunan Muria berhasil membawa kembali Dewi Roroyono. Lalu Sunan Ngerang menjodohkan Dewi Roroyono dengannya.
Selain beristri Dewi Roroyono, Sunan Muria juga diambil menjadi mantu oleh Sunan Ngudung dinikahkan dengan Dewi Sujinah putri Sunan Ngudung.
