Beberapa sejarawan berpendapat jika Sunan Muria adalah putra Sunan Kalijaga, sementara beberapa lainnya menyatakan bukan. Terlepas dari perbedaan itu, para sejarawan sepakat jika Sunan Muria adalah tokoh Wali Songo yang paling muda. Dia dipercaya mampu menciptakan suasana aman di daerah yang rusuh dengan menaklukkan perampok yang terkenal ganas dan kejam.
Salah satu legenda yang mengisahkan penaklukan Sunan Muria terhadap para begal dan perampok ada dalam cerita Kiai Mashudi. Kiai Mashudi—yang awalnya adalah seorang perampok yang dikenal ganas dan kejam—dikisahkan sadar dan menyerah kepada Sunan Muria. Setelah bertobat, Kiai Mashudi dikenal sebagai orang yang sangat taat beribadah.
Ada beberapa versi terkait nama asli Sunan Muria. Ada yang mengatakan Raden Prawoto, ada pula yang menyebutnya Raden Umar Said. Dia mendapat gelar Sunan Muria karena dimakamkan di Gunung Muria, Kudus, Jawa Tengah.
Berbeda dengan para wali penyebar Islam dari generasi yang lebih tua—yang kisah hidupnya cukup banyak ditulis dalam historiografi Jawa Tengah, Jawa Timur, Cirebon, dan Banten—kisah hidup, asal-usul, dan istilah Sunan Muria lebih banyak didasarkan pada cerita-cerita legenda yang berkembang secara lisan di tengah masyarakat sekitar Gunung Muria.
Sebagaimana silsilah Wali Songo lainnya yang berbeda satu sama lain, silsilah Sunan Muria juga memiliki perbedaan. Menurut versi pertama, sebagaimana ditulis Solihin Salam dalam Sekitar Wali Sanga (1974) dan A.M. Noertjahjo dalam Cerita Sekitar Wali Sanga (1974), Sunan Muria disebutkan sebagai putra sulung Sunan Kalijaga dari pernikahannya dengan Dewi Sarah, putri Maulana Ishak atau Sunan Giri.
Jika versi ini benar, maka Dewi Sarah bukanlah saudara Sunan Giri, sebagaimana diyakini oleh beberapa sejarawan. Sebab, ada perbedaan usia yang cukup jauh antara Sunan Giri dengan Sunan Kalijaga. Mengingat tokoh-tokoh penyebar Islam dewasa itu lazim memiliki istri lebih dari satu, sangat mungkin Dewi Sarah adalah putra Sunan Giri dengan istri lain sewaktu dia tinggal di Malaka. Sunan Kalijaga sendiri dikisahkan juga pernah pergi ke Pasai dan Malaka, dan sempat berguru kepada Syekh Dara Putih, adik Syekh Jumadil Kubra.
Menurut versi pertama tersebut, Sunan Muria lahir dengan nama Raden Umar Said. Dia memiliki dua orang adik perempuan, yaitu Dewi Rukayah dan Dewi Sofiyah. Sewaktu dewasa, Raden Umar Said dikisahkan menikah dengan Dewi Sujinah, adik kandung Jakfar Shadiq atau Sunan Kudus—putra Raden Usman Haji atau Sunan Ngudung.
Sementara itu, menurut versi kedua, berdasar naskah Pustoko Darah Agung yang disusun R. Darmowasito dan diringkas oleh R. Mohammad Yahya Mertowinoto (1969), disebutkan bahwa Sunan Muria adalah putra Sunan Ngudung. Di situ disebutkan bahwa Sunan Ngudung menukah dengan Dewi Sarifah dan memiliki empat orang putra, yaitu: Raden Umar Said; Sunan Giri III; Raden Amir Haji Sunan Kudus; dan Sunan Giri II. Jika versi ini benar, maka Dewi Sarifah istri Sunan Ngudung adalah adik Sunan Kalijaga.
