Ada satu versi lain sebagaimana tercantum di manuskrip Syekh Anom Sidakarsa (1171H), bahwa perempuan yang dinikahi Raden Patah sebenarnya adalah cucu Sunan Ampel. Meskipun demikian, yang jelas antara Raden Patah dan Sunan Ampel memiliki hubungan kekerabatan yang sangat dekat, yaitu murid sekaligus menantu, atau cucu menantu.
Historiografi Jawa menuturkan bahwa Raden Patah adalah putra Prabu Brawijaya, Raja Majapahit terakhir. Tentang siapa Prabu Brawijaya yang menjadi ayahanda Raden Patah, terjadi perbedaan pendapat. Sebagian sejarawan menyatakanbahwa Brawijaya yang dimaksud adalah Prabu Kertawijaya, Maharaja Majapahit yang berkuasa pada 1447-1451 Masehi.Sedangkan sebagian lagi menyatakan Raja Brawijaya ayah Raden Patah adalah Kertabhumi, Maharaja Majapahit yang berkuasa pada 1474—1478 M.
Namun, karena dalam banyak sumber disebutkan bahwa Brawijaya yang menjadi ayah Raden Patah itu menikahi putri Champa bernama Darawati, maka sebagian besar sejarawan sepakat bahwa ang dimaksud Brawijaya ayah Raden Patah adalah Sri Prabu Kertawijaya, Maharaja Majapahit yang berkuasa pada 1447—1451 M. Dia menggunakan gelar Abhiseka Wijaya Parakramawarddhana, yang saat mangkat dikebumikan di Kertawijayapura.
Agus Sunyoto, dalam Atlas Wali Songo menjelaskan asal usul Raden Patah dalam beberapa versi, namun semua versi tersebut sepakat bahwa Raden Patah belajar agama Islam kepada Sunan Ampel dan menikah dengan Dewi Murthosimah, putri Sunan Ampel. Di Demak beliau menjadi sultan dan berdakwah menyebarkan Islam ke tengah-tengah masyarakat saat itu.
Dari penjelasan di atas, menjadi jelas bahwa Raden Patah memiliki garis keturunan langsung atau nasab dari raja-raja Majapahit. Dengan demikian, anggapan sementara pihak yang meyakini Raden Patah memiliki ambisi untuk menjadi seorang raja, bahkan sampai memerangi orang tuanya—sebagaimana dicatat oleh sebagian sejarawan—sepertinya perlu dikoreksi.Apalagi jika memperhatikan ajaran di lingkungan kaum santri tradisional—yang umumnya memiliki ketaatan tinggi kepada guru, dan melawan penguasa yang sah adalah terlarang—rasanya mustahil terjadi peperangan antara Raden Patah dengan ayahandanya sendiri.
Pendidikan awal yang diperoleh Raden Patah dipastikan berasal dari sang ibu, yang tentunya menanamkan kaidah-kaidah dasar ajaran Islam. Selain itu, Raden Patah juga belajar agama dan ilmu pemerintahan kepada Ario Damar, Penguasa Palembang yang oleh berbagai catatan historiografi diyakini sebagai putra Raja Brawijaya juga.
Ketika Raden Patah dewasa, kala kebutuhannya terhadap ilmu-ilmu keislaman makin banyak, Raden Patah merasa tidak puas dengan pelajaran agama dari Ario Damar—yang menurutnya masih mengikuti nilai-nilai ajaran agama lama. Perbedaan pendapat masalah agama antara Raden Patah dengan Ario Damar sebagaimana disinggung dalam Serat Kandaning Ringgit Purwa, yang artinya:
“Sudah dewasa keduanya. Raden Patah bertukar pandangan dengan sang kakak, Ario Damar, membincang ilmu (agama). Ario Damar memiliki dasar ilmu Budha (Hindu- Buddha) dan Raden Patah memiliki dasar ilmu Islam. Lalu pergilah Raden Patah. Mengasingkan diri (uzlah) ke Gunung Sumirang, gunung di seberang sungai. Puasa mutih. Yang disantap hanya Yang Mahakuasa. Berhasrat untuk menegakkan agama yang mulia. Karena malu di hati telah disalahkan oleh Ario Damar dalam membincang ilmu.”
“Putra Ario Damar, Raden Kusen, enggan ikut ayahnya. Ke mana pun Raden Patah pergi, Raden Kusen selalu ikut. Ketika Raden Patah pergi bertapa (uzlah) di gunung, Raden Kusen menyusul. Raden Patah meminta agar Raden Kusen pulang, karena perjalanan yang akan dilakukan sangat berat, akan pergi ke Jawa. Namun, Raden Kusen telah menyatakan tekad, hidup dan matinya akan diabdikan kepada Raden Patah. Lalu Mereka berdua pergi mengembara keluar dan masuk hutan, melangkah sepanjang tepian sungai, lupa makan lupa tidur, sampai mereka berdua berada di pinggir laut.”
