Peristiwa penting lainnya adalah penurunan bendera Hinomaru Jepang dari Gedung Tyookan atau Cokan Kantai—nama Gedung Agung ketika di masa pendudukan Jepang—pada 21 September 1945. Insiden itu merupakan upaya penggantian bendera Hinomura Jepang dengan Merah Putih.
Pada awal kemerdekaan, bangunan ini digunakan sebagai kantor Komite Nasional Indonesia (KNI). Ketika ibu kota Republik Indonesia dipindahkan dari Jakarta ke Yogyakarta, gedung ini berfungsi sebagai Istana Negara.
Presiden Sukarno menggunakan Gedung Agung ini untuk kantor sekaligus rumah kediaman keluarga. Salah satu putrinya, yakni Megawati Soekarnoputri, lahir di istana tersebut.
Itulah, menjelahahi Gedung Agung Yogyakarta bukan hanya menjelahi bangunan ruang, tetapi juga menjelajahi waktu.*
