Dalam perkara ini, delapan orang divonis bersalah oleh pengadilan. Mereka adalah:
- Kepala Pejabat Pembuat Komitmen (PPK) Proyek, Sugiharto divonis 5 tahun penjara pada 22 Juni 2017;
- Mantan Dirjen Dukcapil Kemendagri Irman Zahir divonis 7 tahun penjara pada 20 Juli 2017, namun akhirnya bebas bersyarat pada September 2022;
- Pengusaha Andi Naragong divonis 8 tahun penjara pada 21 Desember 2017;
- Mantan Ketua DPR RI Setya Novanto divonis 15 tahun penjara pada 24 April 2018. Dia mengajukan peninjauan kembali (PK) setahun vonis;
- Mantan Direktur PT Quadra Solution Anang Sugiana Sudiharjo divonis 6 tahun penjara pada 30 Juli 2018, dan dinyatakan inkrah setelah dia menempuh upaya banding dan PK;
- Mantan Direktur Utama PT Delta Energy Made Oka Masagung divonis 10 tahun penjara pada 5 Desember 2018. Dia mengajukan PK dan ditolak pada 2020;
- Mantan Direktur PT Murakabi Sejahtera yang juga keponakan Setnov, Irvanto Hendra Pambudi Cahyo, divonis 10 tahun penjara pada Desember 2018; dan
- Anggota DPR RI dari Fraksi Partai Golkar Markus Nari divonis 6 tahun penjara (divonis 11 November 2019)
Selain perkara pokok, ada juga beberapa perkara tambahan dalam skandal e-KTP ini. Pertama, soal pemberian keterangan palsu oleh mantan anggota DPR Miryam S. Haryani dalam persidangan. Ia kemudian divonis bersalah dengan hukuman 5 tahun penjara pada 13 November 2017.
Markus Nari juga ditetapkan sebagai tersangka dalam perkara ini, karena dianggap menghalangi penyidikan dan penuntutan KPK, dengan mempengaruhi Miryam untuk memberikan keterangan palsu.
Perkara kedua adalah saat KPK menganggap ada pihak-pihak yang menghalang-halangi penyidikan Setya Novanto. Dua orang ditetapkan sebagai tersangka dalam perkara ini, yaitu pengacara Novanto, Fredrich Yunadi, dan dokter di Rumah Sakit Medika Permata Hijau, dr. Bimanesh Sutarjo.
Fredrich Yunadi awalnya dihukum 7 tahun penjara, namun diperberat menjadi 7,5 tahun di tingkat kasasi pada 2021. Sementara Bimanesh harus menjalani hukuman 4 tahun penjara, setelah mengajukan banding atas putusan vonis 3 tahun penjara.
Pada tahun 2019, KPK mengumumkan empat tersangka baru dalam kasus korupsi e-KTP. Keempatnya adalah Miryam S. Hariyani; Direktur Utama Perum Percetakan Negara RI periode 2010-2013 Isnu Edhi Wijaya; Ketua Tim Teknis Teknologi Informasi Penerapan Kartu Tanda Penduduk Elektronik Husni Fahmi; dan Direktur Utama PT Sandipala Arthaputra, Paulus Thanos.
KPK menahan Isnu Edhi Wijaya dan Husni Fahmi pada 3 Februari 2022. Keduanya ditahan di Rutan Cabang KPK pada Pomdam Jaya Guntur, Jakarta.
