Di tahun 2017 itu juga, Bareskrim Polri melakukan pemeriksaan terhadap kasus korupsi pengelolaan anggaran Pemerintah Provinsi Papua periode 2014-2017. Kasus ini berhubungan dengan sejumlah proyek yang bersumber dari Anggaran Pendapatan dan Belanja Daerah (APBD) Provinsi Papua.
Setelah lima tahun menyelidiki Enembe, pada 5 September 2022 KPK menetapkan mantan Bupati Puncak Jaya itu sebagai tersangka kasus suap dan gratifikasi senilai Rp1 miliar. Pendukung Enembe langsung melakukan perlawanan begitu ia ditetapkan sebagai tersangka.
Pada 12 September 2022, KPK melayangkan panggilan pertama kepada Enembe untuk diperiksa. Namun, dia tidak datang dengan alasan sakit. Sebelas hari setelah pemanggilan pertama tersebut, pada 23 September 2022, tim dokter Lukas Enembe meminta agar penyidikan ditunda. Mereka membawa dokumen medis yang menerangkan kondisi kesehatan Enembe sebagai dasar permintaan penundaan itu.
KPK pun menjadwalkan pemeriksaan untuk kedua kalinya pada 25 September 2022. Akan tetapi, lagi-lagi Enembe tidak datang dengan alasan yang sama: sakit. Bahkan dia meminta agar KPK memeriksanya di lapangan—maksudnya diperiksa di rumah—yang katanya sesuai permintaan masyarakat adat Papua.
Pada 26 September 2022 pengacara Lukas Enembe, Stefanus Roy Rening, mengklaim bahwa kliennya memiliki tambang emas sebagai jawaban dari pertanyaan KPK terkait sumber uang Lukas yang dinilai tidak wajar. Namun, perusahaan emas yang disebut Stefanus itu tidak terdapat dalam dokumen Laporan Harta Kekayaan Penyelenggara Negara (LHKPN) yang dilaporan Lukas Enembe.
Terakhir kali Enembe melaporkan kekayaannya ke LHKPN pada 31 Maret 2022. Yang dilaporkan adalah kekayaan periode 2021. Jumlahnya Rp33,78 miliar. Dalam laporan ke LHKPN untuk periode sebelumnya, tahun 2020, Enembe melaporkan kekayaannya sebesar Rp31,28 miliar. Artinya, harta Lukas meningkat sebesar Rp2,5 miliar dalam satu tahun.
Sebagian besar harta Enembe berupa tanah, bangunan, alat transportasi, dan mesin. Total kekayaan tanah dan bangunan Enembe mencapai Rp13,6 miliar. Ia dikenal sebagai pemilik enam bidang tanah dan bangunan terbesar di Kabupaten/Kota Jayapura. Lukas juga memiliki alat transportasi dan mesin senilai Rp932,48 juta. Kendaraan yang dia punyai adalah mobil Toyota Fortuner (2007), mobil Honda Jazz (2007), mobil Toyota Land Cruiser (2010), dan mobil Toyota Camry (2010).
