Pada tahun 1994, Gus Dur menghadiri undangan penandatanganan perdamaian antara Yordania dengan Israel. Momentum tersebut kemudian memengaruhi cara pandangnya, bahwa ternyata perdamaian bisa diwujudkan apabila ada iktikad baik dari kedua belah pihak yang bertikai untuk berdamai. Barangkali setelah berkaca pada perjanjian tersebut—juga mengingat Perjanjian Camp David antara Mesir-Israel pada tahun 1978 dan Perjanjian Oslo tahun 1993, yang mengakui Otoritas Palestina—Gus Dur memilih pola win-win solution dalam melihat konflik Palestina dan Israel.
Djohan Effendi, dalam buku Damai Bersama Gus Dur (2012), menceritakan, hati Gus Dur tersentuh ketika dia berkunjung ke Israel dan menemui rakyat dari kedua kubu yang berseteru. Dia bertemu orang Yahudi dan Palestina, Islam maupun Kristen.
Ketika itu, kedua pihak mengaku sebenarnya menginginkan perdamaian. Mereka mengatakan pada Gus Dur: “Hanya mereka yang berada dalam keadaan perang yang tahu persis apa makna damai.”
Sejak itulah Gus Dur mulai mewacanakan perlunya win-win solution bagi Palestina dan Israel. Inilah yang kemudian menjadi landasan kebijakan PBNU yang lebih moderat dalam menyikapi konflik Palestina-Israel di masa Gus Dur. Solusi jalan tengah ini memang terkesan mendua, dan bagi kalangan Islam yang lantang menyuarakan Israel harus enyah sama sekali dari tanah Palestina, dinilai tidak tegas. Namun, dengan pertimbangan realitas politik dan faktor kemanusiaan, Gus Dur tetap memilih jalan itu.
Setelah Gus Dur menjadi Presiden RI pada tahun 1999, dia mengunjungi ke Yordania, yang sudah berdamai dengan Israel. Dia bertemu Raja Abdbullah II. Setelah itu, Gus Dur juga menemui Presiden Palestina Yasser Arafat di Amman. Dalam pertemuan tersebut, Presiden Gus Dur menyatakan dukungannya terhadap kemerdekaan Palestina dan perdamaian di Timur Tengah.
Pada 16 Agustus 2000, Presiden Yasser Arafat mengadakan kunjungan kenegaraan resmi ke Indonesia. Ketika itulah Gus Dur, sebagai Kepala Negara, menegaskan bahwa hak untuk mencapai perdamaian di Palestina ada di tangan rakyat Palestina sendiri. “Yang dalam hal ini tentu diwujudkan dalam bentuk keputusan-keputusan atau konferensi OKI, PBB, dan lain-lain,” ujar Gus Dur, saat jumpa pers bersama Yasser Arafat.
