Sebagai gerakan separatis di daerah, ada beberapa versi yang mengungkap latar belakang terjadinya gerakan RMS. Pertama, RMS disebut merupakan ungkapan kekecewaan sekelompok pejabat NIT atas rencana penggabungan NIT dalam NKRI, setelah tercapai kesepakatan antara Indonesia dengan Belanda melalui Konferensi Meja Bundar (KMB) di Den Haag (Haris 2005: 68).
Kedua, RMS lahir dari sekelompok masyarakat Ambon yang diuntungkan oleh kolonial Belanda, sehingga khawatir jika pemerintah di Jakarta mendirikan pemerintahan yang efektif di Ambon, posisi mereka akan terancam (Chouvel 1990: 22).
Ketiga, RMS merupakan gerakan yang diinisiasi oleh Soumokil atas ketidaksetujuannya, baik kepada pemerintah pusat maupun pemerintah NIT.
Apa pun latar belakang yang mendasari gerakan RMS, yang jelas kehadiran gerakan ini merupakan manifestasi dari konflik internal antara pemerintah pusat dan daerah di Indonesia, serta antara partai dan kekuatan-kekuatan politik yang berseberangan–baik sipil maupun militer–dengan pemerintah pusat, di mana gerakan ini mengancam integrasi nasional dalam meneguhkan NKRI.
Sebelum mendeklarasikan kemerdekaan RMS, Soumokil adalah Menteri Kehakiman dan Jaksa Agung NIT. Bersama dengan Andi Azis, Soumokil menentang penggabungan NIT ke dalam NKRI. Namun, pada saat pecah pemberontakan di Makassar, yang kemudian berhasil dipadamkan, Soumokil terbang dengan menggunakan pesawat militer ke Ambon.
Tujuan kedatangan Soumokil ke Ambon adalah untuk memisahkan Ambon, Buru, dan Seram dari wilayah NKRI. Bersama salah seorang pimpinan militer KNIL Ir. Manumasa, Soumokil yang anti-Sukarno mengambilalih kekuasaan dan memproklamasikan RMS.
Tujuan pembentukan RMS adalah untuk melepaskan diri dari kekuasaan pemerintah RI maupun negara RIS, dan secara otonom akan berdiri sendiri sebagai negara merdeka. Gerakan RMS secara faktual tidak bisa dipisahkan dari politik kolonial Belanda devide et impera. Bahkan, beberapa sejarawan menyebut gerakan tersebut merupakan manifestasi dari campur tangan Belanda untuk menggerogoti keutuhan dan kedaulatan NKRI.
Ir. J.A. Manumasa memiliki peran penting dalam RMS, terutama dalam upaya merealisasikan pemerintahan separatis. Selain menjadi ujung tombak dalam menggalang kekuatan militer dari unsur KNIL yang merupakan kekuatan inti Angkatan Perang RMS, ia juga melakukan konsolidasi dengan pemerintah daerah.
Kepala Daerah J.H. Manuhutu dan Wakil Ketua Dewan Maluku Selatan Albert Wairisal pada awalnya tidak menyetujui pendirian RMS di wilayahnya. Manumasa merespons ketidaksetujuan Manuhutu dan Wairisal dengan menyelenggarakan kongres kilat dan menghasilkan keputusan mengenai pemerintahan RMS yang dipimpin oleh seorang presiden dan 12 kepala departemen (menteri). Pada kongres tersebut, Manuhutu diangkat menjadi presiden dan Wairisal menjabat sebagai Menteri Pertahanan (Scheffer 1950: 16).
Selain Soumokil dan Manumasa, orang yang juga sangat berpengaruh dalam RMS adalah Nanlohy. Namun, baik Soumokil maupun Nanlohy ternyata saling curiga dan tidak percaya satu sama lain. Hal itu menjadikan Nanlohy dipecat dan pergi ke Irian Barat (Anwar 2004: 55).
Meski pemerintahan RMS terdiri atas beberapa tokoh pemerintahan dari unsur sipil dan beberapa perwira serta prajurit KNIL asal Maluku, pemerintahan RMS tidak berjalan efektif dan cenderung tidak stabil. Ada banyak masalah dalam tubuh RMS sendiri secara internal, terutama yang bersumber dari penyelewengan terkait aktivitas ekonomi dan perdagangan yang mereka lakukan.
Demikian juga unsur militernya, juga ada masalah, terutama karena para mantan anggota KNIL sering bertindak sendiri sesuai kepentingan masing-masing. Kondisi internal RMS yang buruk akibat penyalahgunaan wewenang dan korupsi telah menyebabkan RMS lemah, sehingga kurang mendapat dukungan secara politik dan ekonomi dari masyarakatnya (Anwar 2004: 56).
