_____
Sementara itu, kisah Raden Jakfar Shadiq menumpas gerakan makar Ki Ageng Pengging dan gurunya, Syekh Siti Jenar, atas perintah Sultan Demak, memunculkan banyak kontroversi. Dalam Serat Kandaning Ringgit Purwa Jilid IX Pupuh 430,yang ditulis dalam tembang Dhandhanggula, dituturkan bagaimana Sunan Kudus datang ke Pengging atas perintah Sultan Demak untuk menumpas Ki Ageng Pengging yang disebut melakukan upaya makar dengan menjalankan amalan atau lelaku rohani yang tidak dilegitimasi oleh kerajaan.
Dalam tembang Dhandhanggula ini dikisahkan bahwa Sunan Kudus menuduh Ki Ageng Pengging telah mengikuti ajaran menyimpang yang diajarkan oleh Syekh Siti Jenar. Namun, Ki Ageng Pengging tegas menolak tuduhan tersebut. Dan dia menyatakan tidak peduli dengan penilaian Sultan Demak yang menuduhnya makar karena ajaran yang diikutinya, karena dia merasa sedang mengerjakan kebenaran.
Ki Ageng Pengging menegaskan bahwa kebenaran yang diyakininya itu ibarat makanan yang telah dikunyah, yang harus ditelan, pantang dimuntahkan kembali. Salah satu ajaran yang tampaknya menjadi penyebab tuduhan makar itu adalah ajaran bisa mati dalam hidup dan hidup di dalam kematian—yang dalam bahasa laku rohani tasawuf disebut ‘mûtû qabla an tamûtû’. Ketika Sunan Kudus menanyakan perihal ajaran tersebut, Ki Ageng Pengging menyatakan sudah bisa menjalaninya.
Sunan Kudus pun menyampaikan bahwa dia mengemban titah Raja Demak untuk menyaksikan kematian Ki Ageng Pengging. Ternyata Ki Ageng Pengging tidak keberatan mati atas keinginannya sendiri. Namun, dia berpesan, agar kematiannya terlihat wajar, dia meminta Sunan Kudus menyayat sikunya dengan keris.
Ketika Ki Ageng Pengging sudah mau meninggal, Sunan Kudus buru-buru pergi sambil mengucap salam, yang masih dijawab oleh Ki Ageng Pengging. Namun, beberapa saat setelah itu, istri Ki Ageng Pengging keluar membawa suguhan dan mendapati suaminya sudah wafat. Dia menjerit. Gemparlah Pengging oleh kematian Ki Ageng.
Tak jauh beda dengan Serat Kandaning Ringgit Purwa, Babad Tanah Jawi dan Babad Pengging menuturkan bahwa Sunan Kudus menghukum mati Ki Ageng Pengging dengan menggoreskan kerisnya ke siku Ki Ageng.
Sementara itu, menurut aturan yang berlaku waktu itu, setiap penumpasan terhadap pemberontak harus dibuktikan dengan membawa kepala pemimpin pemberontak ke hadapan raja. Sedangkan kisah pembunuhan Ki Ageng Pengging yang dikabarkan memberontak itu tak sedikit pun meninggalkan bukti kematian—apalagi kepala yang dibawa ke hadapan raja.
Babad Demak juga menuturkan bagaimana guru Ki Ageng Pengging, Syekh Siti Jenar, dijatuhi hukuman mati oleh para wali di Masjid Agung Demak—tetapi juga tidak disertai bukti mayat Syekh yang dituduh sesat tersebut. Hanya ada bangkai seekor anjing yang dianggap sebagai jelmaan Syekh Siti Jenar.
Sementara itu, Babad Cerbon dan Pustaka Nagarakretabhumi menuturkan bahwa Sunan Kudus menggunakan keris pusaka Kantanaga milik Sunan Gunung Jati untuk menikam Syekh Siti Jenar dalam eksekusi yang dilakukan para wali di Masjid Sang Cipta Rasa di Keraton Kasepuhan Cirebon. Historiografi Cirebon tersebut juga menyatakan bahwa mayat Syekh Siti Jenar tidak ada, diganti dengan bangkai seekor anjing.
Di sisi lain, T.D. Sudjana, sejarawan Cirebon dari Keraton Kanoman—yang banyak mentranskrip naskah-naskah kuno—menuturkan bahwa keberadaan kampung Kasunean di Cirebon berhubungan dengan usaha Sunan Gunung Jati melindungi orang-orang Pengging dari kejaran Sultan Demak. Tampaknya, untuk mengoreksi fakta sejarah yang melibatkan Sunan Kudus dalam usaha menghancurkan kekuatan Pengging yang dianggap makar, dan menumpas ajaran Syekh Siti Jenar yang dinilai sesat, perlu dilakukan kajian ulang yang lebih objektif terhadap naskah-naskah historiografi yang ada dan dengan pendekatan sejarah yang lebih ilmiah.
