Dalam pertempuran kedua tersebut Sunan Ngudung gugur di tangan Adipati terung dan barisan santri mundur dari medan tempur. Jubah Antakusuma yang dikenakan Sunan Ngudung ternyata tidak bertuah. Jenazah Sunan Ngudung dibawa kembali oleh para santri ke Demak dan dimakamkan di sana.
Setelah Sunan Ngudung meninggal, kedudukannya sebagai Imam Masjid Demak digantikan oleh Raden Jakfar Shadiq, putranya. Raden Jakfar Shadiq inilah yang kemudian juga menggantikan kedudukan ayahandanya sebagai pemimpin barisan santri untuk menyerang Majapahit dalam usaha ketiga.
Serat Kandaning Ringgit Purwa menceritakan bahwa Raden Jakfar Shadiq yang memimpin barisan santri beberkal tiga pusaka, yaitu pusaka Ki Suradadi yang diberikan oleh Sunan Giri; pusaka badhong (golok) bertuah dari Sunan Gunung Jati; dan sebuah peti yang jika dibuka tutupnya akan menimbulkan hujan dan angin dan memunculkan pasukan siluman yang akan mengusir musuh, yang diberikan oleh Adipati Palembang Arya Damar.
Serat Kandaning Ringgit Purwa dan Babad Tanah Jawi menuturkan bagaimana dalam serangan ketiga itu Jakfar Shadiq membuat kecut pasukan Majapahit dengan pusaka-pusakanya. Adipati Terung, yang diberitahu bahwa yang memimpin barisan santri adalah Raden Jakfar Shadiq—menantunya sendiri sekaligus putra Sunan Ngudung—dan mendengar bahwa Jakfar Shadiq dibekali peti pusaka dari Palembang, memutuskan tidak ikut dalam pasukan Majapahit. Dia berada di barisan belakang bersama prajurit-prajurit Majapahit beragama Islam.
Setelah mengerahkan pusaka Giri dan Cerbon yang bisa mengeluarkan tikus dan lebah, peti dari Palembang pun dibuka. Seketika keluar suara gemuruh, hujan, serta badai yang melanda Majapahit. Pasukan Majapahit berlarian ketakutan. Barisan santri dikisahkan memperoleh kemenangan besar. Setelah kemenangan pasukan Demak, pusaka-pusaka Majapahit diangkut ke Demak setelah selama empat puluh hari ditempatkan di Giri Kedhaton. Adipati Terung, mertua Jakfar Shadiq, dikisahkan ikut dibawa ke Demak.
Menurut cerita tutur yang disusun Th.G.Th. Pigeaud dalam Literature of Java (1967-1980), naskah Tedhak Pusponegaran, dan dikisahkan pula dalam Serat Kandaning Ringgit Purwaning Ringgit Purwa, sisa kekuatan Majapahit yang terpukul mundur itu bertahan di Sengguruh, sebelah selatan Malang, di bawah pimpinan Raden Pramana, anak Patih Mahudara dari Majapahit. Namun, anak Adipati Terung, Arya Terung, memimpin pasukan Demak untuk menyerbu Sengguruh dan berhasil menghalau Raden Pramana beserta sisa kekuatannya keluar dari Sengguruh.
Arya Terung kemudian diangkat menjadi adipati di Sengguruh oleh Sultan Demak. Sedangkan adik Arya Terung, Arya Balitar, diangkat menjadi Adipati Blitar. Kedua wilayah itu menjadi bawahan Demak.
Sisa kekuatan Majapahit yang tersingkir dari Sengguruh bertahan cukup lama di kaki Pegunungan Tengger—Semeru, di daerah Malang sebelah timur, di bawah kekuasaan anak-anak Patih Mahudara, Adipati Dengkol, dan saudaranya yang menjadi penguasa Pasuruan, Menak Supethak.
