Sunan Kudus dikenal sebagai tokoh Wali Songo yang tegas menegakkan syariat. Namun demikian, seperti wali yang lain, dalam berdakwah, Sunan Kudus tetap berusaha mendekati masyarakat untuk menyelami dan memahami kebutuhan mereka. Dalam menjalankan misi dakwahnya, Sunan Kudus mengajarkan penyempurnaan alat-alat pertukangan, kerajinan emas, pandai besi, membuat keris pusaka, dan mengajarkan hukum-hukum agama yang tegas.
Wali yang memiliki nama asli Jakfar Shadiq ini tercatat oleh sejarah sebagai tokoh Wali Songo yang memimpin penyerangan ke ibukota Majapahit dan berhasil mengalahkan sisa-sisa pasukan kerajaan tua yang saat itu sudah sangat lemah.
Berdasarkan catatan naskah-naskah historiografi, seperti Babad Tanah Jawi, Naskah Drajat, Wali Sana Babadipun Parawali, Babad Cerbon, Sejarah Hidup Wali Songo, dan silsilah Sunan Kudus, dapat disimpulkan bahwa tokoh Jakfar Shadiq yang masyhur disebut Sunan Kudus adalah cucu buyut Syekh Ibrahim as-Samarkandi. Ayahnya, Usman Haji atau Sunan Ngudung, adalah putra Raja Pandhita di Gresik bernama Ali Murtadho.
Ali Murtadho adalah kakak Raden Rahmat atau Sunan Ampel. Usman Haji, menurut Hikayat Hasanuddin, diangkat menjadi imam keempat Masjid Demak dengan gelar Penghulu Rahmatullah di Undung. Sedangkan Sunan Kudus, putra Penghulu Rahmatullah di Ngudung, diangkat menjadi imam kelima Masjid Agung Demak, melanjutkan peran ayahnya.
Namun, itu adalah salah satu versi silsilah Sunan Kudus. Soal silsilah Sunan Kudus sendiri ada beberapa versi—sebagaimana silsilah Wali Songo lainnya yang dicatat berbeda-beda oleh beberapa historiografi. Kendati berbeda-beda, namun ada benang merah yang menghubungkan satu silsilah dengan silsilah lain.
Menurut versi Cirebon, yang ditulis Rachman Sulendraningrat dalam Sejarah Hidup Wali Songo (1988), Sunan Kudus adalah putra Sunan Undung—mungkin yang dimaksud sama dengan Sunan Ngudung atau Usman Haji. Diksi “Undung” sangat dekat dengan “Ngudung”. Mungkin pengejaannya saja yang berbeda, namun yang dimaksud adalah orang yang sama.
Sunan Undung, menurut versi tersebut, adalah putra dari saudara Sultan Mesir. Sunan Undung, masih menurut versi tersebut, memiliki kakak bernama Rara Dampul. Sunan Undung dan Rara Dampul dikisahkan pergi ke Negeri Puser Bumi di Cirebon dan bertemu Syarif Hidayat, sepupu mereka yang kemudian dikenal dengan Sunan di Gunung Jati.
Syarif Hidayat menyarankan agar Undung pergi ke Ampeldenta untuk berguru kepada Sunan Ampel. Undung pun pergi Ampeldenta dan menjadi murid terkasih Sunan Ampel. Dia kemudian dinikahkan dengan cucu Sunan Ampel yang bernama Syarifah—dikenal dengan nama Nyi Ageng Manila. Dari pernikahan tersebut lahirlah Raden Fatihan atau Jakfar Shadiq, yang kemudian dikenal sebagai Sunan Kudus.
Sementara itu, menurut versi lainnya, Sunan Kudus disebut merupakan keturunan Adipati Terung. Dia menikah dengan Putri Pecat Tanda Terung dan menurunkan tujuh orang anak, yaitu Nyi Ageng Pembayun; Panembahan Palembang; Panembahan Mekaos Honggokusumo; Panembahan Karimun; Panembahan Kali; Ratu Pradabinabar; dan Penembahan Joko yang meninggal di usia muda.
Namun demikian, ada benang merah dari seluruh versi tersebut, yaitu Sunan Kudus memiliki relasi dengan Sunan Ampel—entah sebagai murid, entah cicit, entah keduanya.
Dibanding wali lainnya, kisah Sunan Kudus dalam menuntut ilmu tidak banyak ditulis oleh sumber historiografi lokal. Dalam cerita tutur, Jakfar Shadiq dikisahkan belajar ilmu agama kepada ayahnya sendiri, yaitu Raden Usman Haji atau Sunan Ngudung.
Selain berguru kepada ayahnya, Jakfar Shadiq juga dituturkan berguru kepada seorang ulama bernama Kiai Telingsing. Menurut cerita yang berkembang di masyarakat Kudus, Kyai Telingsing adalah seorang China muslim bernama asli The Ling Sing. Kedatangannya ke Pulau Jawa dikaitkan dengan kunjungan Laksamana Cheng Ho.
Dalam Koridor, Mustofa Bisri (Gus Mus) menyebut bahwa Sunan Kudus dikenal sebagai ulama fikih yang andal dan kukuh memegang prinsip dan panglima perang dan ahli strategi politik—yang dibuktikan ketika menjadi panglima perang Kerajaan Demak saat menaklukan Kerajaan Majapahit.
