Beberapa literatur menyebutkan, aksara Arab Pegon tidak lepas dari sejarah Pangeran Diponegoro. Saat dia ditangkap Belanda, banyak pengikutnya, yang terdiri dari kalangan bangsawan dan ulama, memilih menyingkir. Setelah itu banyak ulama yang singgah di Pacitan dan mendirikan pondok pesantren.
Dari situlah Arab Pegon digunakan dalam keseharian, karena militansi mereka yang anti-penjajah. Salah satu naskah legendaris, yakni Babad Diponegoro, yang berisi kisah hidup Pangeran Diponegoro (hidup pada tahun 1785 – 1855), di mana naskah aslinya ditulis oleh Pangeran Diponegoro sendiri, dituturkan menggunakan aksara Arab Pegon.
Sejak abad ke-16 M, bahasa Melayu telah ditulis dengan aksara Pegon untuk berbagai keperluan, seperti menulis surat-surat perpajakan, aturan perundang-undangan, surat perjanjian, kitab-kitab keagamaan dan sebagainya. Masyarakat di Nusantara, khususnya Jawa dan Sumatera, ketika menulis sesuatu, langsung dengan dua aksara: aksara daerah dan aksara Pegon.
Selain Indonesia, wilayah yang masih tergolong Nusantara dan juga menggunakan aksara Pegon adalah Malaysia, Brunei Darussalam, dan Thailand. Beberapa ulama Nusantara sudah banyak yang menuliskan karyanya menggunakan aksara Pegon. Di antaranya bisa ditemukan pada kitab Suluk Sunan Bonang (Head Book Van Bonang), Hikayat Hang Tuah, Hikayat Raja-Raja Pasai, kitab Saris as-Salikin (Kitab Sarah Ihya Ulumuddinya Al-Ghazali, Karya Syeikh Abdul Shamad Al Palimbangi ), kitab Tafsir Mbah Soleh Darat Semarang, dan kitab-kitab yang tersebar di seluruh pondok pesantren salafiyah di Jawa, Madura, Kalimantan, dan Sumatera.
Sebuah buku berjudul Verspreide Geschriften, yang ditulis oleh Snouck Hurgronje ketika menjabat sebagai penasihat Pemerintah Hindia Belanda untuk urusan pribumi dan keagamaan, mengungkapkan penelitian tentang Aceh untuk tujuan penaklukkan. Kendati Belanda gagal menaklukkan Aceh sepenuhnya, setidaknya Snoucki berhasil mengubah cara sebagian orang Aceh dalam menulis.
Bila sebelumnya orang Aceh menulis dengan menggunakan aksara Arab, setelah Verspreide Geschriften terbit, orang-orang terpelajar di Aceh pada masa kolonial mulai menulis dengan aksara latin.
Salah seorang generasi pertama yang menggunakan aksara latin dalam karya-karya dan tulisannya adalah Teuku Mansor Leupeung, seorang Uleebalang di Aceh Besar yang hidup pada masa Pemerintah Kolonial berkuasa di sebagian Aceh.
