Dalam pertemuan itu, menurut Wiranto, Prabowo mengakui telah melakukan operasi intelijen yang berbuntut penculikan aktivis mahasiswa. Prabowo, kata Wiranto, sengaja tidak melaporkan kegiatan ini kepada pimpinan ABRI maupun staf. Alasannya keadaan genting. Selain itu, kata Prabowo, sebagaimana dikutip Wiranto, juga supaya tidak merepotkan dan melibatkan Mabes TNI.
Wiranto lantas mengaku dirinya langsung memerintahkan Prabowo, “Bebaskan mereka segera!”[3]Maksudnya, dia menyuruh Prabowo membebaskan semua aktivis yang diculik.
Pangab Wiranto pun, melalui Kasum ABRI Mayjen Facrul Razi, menerbitkan Surat Telegram No. STR/441/1998 pada tanggal 20 Maret 1998. Isinya memerintahkan segenap jajaran ABRI agar ikut aktif mencari korban penculikan dan menindak tegas pelakunya—apalagi jika terbukti berasal dari ABRI.
Pada 29 Juni 1998, Wiranto menyampaikan hasil temuan TPF ABRI. Kata dia, “Patut diduga dalam kasus orang hilang tersebut, telah terlibat beberapa oknum personel ABRI. Mereka diperkirakan bertindak di luar prosedur. Oleh karena itu, ABRI didesak untuk mengusut anggotanya yang diduga melanggar prosedur.”[4]
Dengan adanya temuan TPF ini, penculikan—sesuatu yang sebelumnya disangkal oleh ABRI—akhirnya diakui.
DKP dibentuk untuk menindaklanjuti temuan TPF, di mana temuan tersebut mengarah pada keterlibatan Letjen Prabowo Subianto, mantan Danjen Kopassus dan Pangkostrad, serta 11 anggota Tim Mawar. Ketika sidang bergulir, Prabowo menjabat sebagai Dansesko ABRI.
Sementara Sintong Panjaitan, dalam buku Perjalanan Seorang Prajurit Para Komando, halaman 99, menyatakan bahwa Prabowo ketika itu memandang langkah penculikan perlu diambil untuk menjaga keamanan dan stabilitas nasional, terutama dalam menghadapi Pemilu 1997 dan Sidang Umum MPR 1998.Target penculikan adalah aktivis laki-laki, belum berkeluarga, belum terlalu terkenal, tetapi memiliki aktivitas yang dinilai radikal yang intens dan menonjol.
Dalam persidangan di Mahkamah Militer, Tim Mawar mengaku dibentuk untuk melakukan periksa silang, atau klarifikasi terhadap tindakan aktivis yang mereka nilai radikal—khususnya kelompok yang menamakan dirinya Partai Rakyat Demokratik-Bawah Tanah atau PRD-BT. Para aktivis ini disebut ingin menggagalkan Sidang Umum MPR 1998.
Prabowo Subianto disebut mengakui perihal penculikan tersebut di hadapan DKP. KSAD Subagyo H.S., dalam jumpa pers setelah melakukan pemeriksaan selama 10 hari, menyatakan bahwa Letjen Prabowo Subianto mengakui telah membuat kesalahan analisis terhadap perintah Bawah Kendali Operasi atau BKO. Prabowo mengakui kesalahannya dan menyatakan kesiapannya untuk bertanggung jawab.
Perwira tinggi ABRI lain yang juga diperiksa oleh DKP adalah Mayjen Muchdi Purwopranjono, yang saat itu menjabat sebagai Danjen Kopassus. Akhir penyelididikan DKP menghasilkan dua rekomendasi, yaitu: (1) menjatuhkan sanksi administratif atau; (2) membawa perwira yang ditengarai melakukan kesalahan ke Mahkamah Militer.
Rekomendasi diserahkan kepada Pangab Wiranto sebagai pengambil keputusan akhir. Meski demikian, rupanya Wiranto tidak mengambil opsi rekomendasi ke-2 untuk menangani Prabowo.
Prabowo hanya diberhentikan secara tidak hormat dari dinas militer. DKP juga memberhentikan Mayjen Muchdi Pr. dari jabatannya sebagai Danjen Kopassus. Sementara Mayor Bambang Kristiono dan anggota Tim Mawar lainnya diseret ke Mahkamah Militer untuk diadili, kemudian dinyatakan bersalah.
