Di tingkat Kodam, ketika proses penghilangan paksa berlangsung, Pangdam Jaya saat itu dijabat oleh Mayjen Sutiyoso. Dia menjabat 30 Maret 1996 hingga 15 September 1997. Sutiyoso kemudian digantikan Mayjen Sjafrie Sjamsoeddin, yang menjabat dari 15 September 1997 – 25 Juni 1998.
Dengan demikian, ketika penculikan dan penghilangan paksa berlangsung pada periode 1997, Pangab dijabat oleh Faisal Tanjung; KSAD dijabat R. Hartono; Pangkostrad dijabat Wiranto; dan Danjen Kopassus dijabat Prabowo.
Sementara pada penculikan 1998, Jenderal Wiranto menjadi Pangab; Jenderal Subagyo H.S. sebagai KSAD; dan Mayjen Prabowo tetap menjabat Danjen Kopassus, lalu mendapatkan promosi menjadi Pangkostrad.
Peristiwa penculikan mulai terungkap ke media ketika Wiranto menjadi Pangab. Yang paling awal mengungkap adalah Munir Said Thalib, aktivis HAM yang menjadi pengacara para korban penculikan. Munir adalah Ketua Yayasan Lembaga Bantuan Hukum Indonesia (YLBHI) ketika itu. Dia juga merupakan inisiator Komisi untuk Orang Hilang dan Korban Tindak Kekerasan atau KontraS yang resmi terbentuk pada 20 Maret 1998. Setelah kasus ini mencuat ke permukaan, publik mendesak agar ABRI memprosesnya.
Untuk merespons desakan publik, Pangab Wiranto membentuk Dewan Kehormatan Perwira (DKP) yang diketuai oleh KSAD Subagyo H.S. DKP dibentuk 3 Agustus 1998.[2]
Sebelum membentuk DKP, ABRI lebih dahulu membentuk Tim Pencari Fakta atau TPF pada bulan Maret 1998. Tim bertugas melakukan serangkaian penyelidikan untuk mengusut keterlibatan oknum ABRI dalam penculikan aktivis. Melalui penyelidikan TPF inilah ditemukan indikasi keterlibatan anggota ABRI dalam penghilangan paksa.
Wiranto, dalam buku Wiranto: Bersaksi di Tengah Badai, menyatakan bahwa Pangkostrad Letjen Prabowo Subianto pernah dimintai keterangan dalam sebuah pertemuan di bulan Maret. Pertemuan dihadiri Wiranto, Prabowo, Letjen Susilo Bambang Yudhoyono sebagai Kepala Sosial Politik (Kasospol); Letjen Fachrul Razi sebagai Kepala Staf Umum (Kasum); dan Mayjen Zacky Anwar Makaarim sebagai Kepala Badan Intelijen Strategis atau Bais.
