Belakangan, Sartono Hadisuwarno, dalam bukunya berjudul Biografi Lengkap Syekh Siti Jenar, menyebut telah ditemukan makam yang diyakini sebagai makam Syekh Siti Jenar di Desa Balong, Kecamatan Kembang, Kabupaten Jepara, Jawa Tengah.
Nama Syekh Lemah Abang konon juga tertulis dalam dokumen Kropak Ferrara, sebuah dokumen kuno yang belum lama ditemukan. G.J.W. Drewes dalam Perdebatan Walisongo Seputar Makrifatullah: Berikut Wasiat-wasiat Agama beserta Panduan Dakwah Para Wali di Jawa (2002) menjelaskan bahwa Koprak Ferara adalah naskah yang terbuat dari lontar, berisi sarasehan para Wali, berasal dari masa paling awal abad ke-18, yang kemudian diterjemahkan oleh G.W.J Drewes menjadi An Early Javanese Code of Muslim Ethics, dan dialihbahasakan ke bahasa Indonesia oleh Wahyudi dengan judul Perdebatan Wali Songo: Seputar Makrifatullah. Oleh karena itu, walaupun asal-usul dan jati diri Syekh Siti Jenar tidak dijelaskan dalam dokumen tersebut, namun akhirnya menjadi jelas bahwa tokoh ini memang ada dalam jajaran Majelis Wali Songo.
Abdul Munir Mulkhan, penulis yang banyak menulis buku dan mempopulerkan nama Syekh Siti Jenar di awal abad ke-21, masih meragukan apakah Syekh Siti Jenar benar-benar pernah hidup di bumi Nusantara ini—walaupun dia dikenal luas oleh masyarakat Jawa. Menurut dia, Syekh Siti Jenar bernama asli Ali Hasan alias Syekh Abdul Jalil, berasal dari Cirebon. Ayahnya seorang raja pendeta bernama Resi Bungsu.
Prof Hasanu Simon dalam buku berjudul Misteri Syekh Siti Jenar: Peran Wali Songo dalam Mengislamkan Tanah (2004), menulis bahwa keraguan terkait sosok Syekh Siti Jenar gugur karena adanya dokumen Kropak Ferrara yang mencatat eksistensi tokoh tersebut. Namun demikian riwayat hidup dan ajarannya masih gelap.
Menurut Prof. Hasanu Simon, pandangan orang Jawa yang beragama Islam terhadap Syekh Siti Jenar cukup beragam; dari yang menerima sampai yang menolak. Di satu sisi, Syekh Siti Jenar dianggap memiliki peran positif dalam meningkatkan jumlah pemeluk Islam. Sebab, orang Jawa yang tidak mau menerima agama Islam murni seperti yang diajarkan Rasulullah Saw.—yang bercampur dengan adat istiadat Arab—mau menerima Islam seperti yang diajarkan Syekh Siti Jenar.
Sementara, di sisi lain, orang Jawa yang menerima dan meyakini Islam sebagai suatu sistem nilai yang utuh dan mengamalkan Islam seperti Syekh Siti Jenar berisiko tidak diakui sebagai umat Muhammad oleh Rasulullah Saw.
Kendati asal-usulnya masih menjadi kontroversi, sebagian besar catatan sejarah meyakini Syekh Siti Jenar lahir sekitar tahun 829 H/1426 M di Pakuwuan Caruban, yang lebih dikenal sebagai Astana Japura, sebelah tenggara Cirebon. Caruban adalah sebuah lingkungan multietnis yang merupakan titik temu kebudayaan serta peradaban berbagai suku.
Pada akhir tahun 1425 M, Syekh Datuk Shaleh beserta istrinya sampai di Cirebon. Saat itu Syekh Siti Jenar masih berada dalam kandungan ibunya 3 bulan.
Di Tanah Caruban ini, Syekh Datuk Shaleh berdagang dan menyebarkan Islam bersama Syekh Datuk Kahfi, putra Syekh Datuk Ahmad. Namun, baru dua bulan di Caruban, Syekh Datuk Shaleh wafat pada tahun awal tahun 1426 M. Setelah Syekh Siti Jenar lahir dengan nama San Ali, Ibundanya juga meninggal dunia, ketika dia berusia 3 bulan. San Ali pun diasuh oleh Ki Danu Sela serta penasihatnya, Ki Samadullah atau Pangeran Walangsungsang, yang sedang nyantri di Pesantren Amparan Jati, Cirebon, di bawah asuhan Syekh Datuk Kahfi.
Kendati San Ali keturunan ulama Malaka—dan lebih jauh lagi keturunan Arab—sejak kecil dia hidup dalam kultur Cirebon, yang saat merupakan kota multikultur, heterogen, dan menjadi basis lintas perdagangan dunia. San Ali mempelajari berbagai bidang agama Islam dengan sepenuh hati disertai pendidikan otodidak bidang spiritual hingga usia 20 tahun.
San Ali menyelesaikan berbagai pelajaran keagamaan, terutama nahwu, sharaf, balaghah, ilmu tafsir, musthalah hadist, ushul fiqih dan manthiq di Padepokan Giri Amparan Jati. Dia adalah santri generasi kedua. Yang kemudian menjadi santri generasi ketiga adalah Syarif Hidayatullah atau Sunan Gunung Jati.
