Dia tak mau bertemu dengan fans Korea Selatan karena merasa gagal. Lalu datanglah penawaran dari beberapa negara Asia kepada coach Shin. Salah satunya dari Indonesia. Coach Shin mengingat dahulu pernah menghadapi Persib Bandung di Piala Asia sewaktu masih menjadi pemain. Dia melihat potensi pemain-pemain Indonesia dapat dipoles menjadi sangat baik
Tanpa ragu, coach Shin akhirnya memilih untuk melatih Indonesia. Coach Shin ingin menciptakan sejarah dan prestasi. Dia ingin agar media dan fans Korea Selatan sadar bahwa coach Shin sebenarnya adalah pelatih yang memiliki kualitas yang baik.
Pada bulan Desember 2019, coach Shin akhirnya mendarat di Indonesia. Secara perlahan coach Shin mulai membenahi dan melakukan banyak perubahan terhadap sepak bola Indonesia. Coach Shin berusaha memperbaiki peringkat FIFA Timnas Indonesia. Peringkat FIFA Timnas Indonesia pada tahun 2019, masih 179 dunia. Timnas Indonesia menjadi salah satu yang terlemah di Asia.
Lawan-lawan Indonesia tak pernah takut menghadapi timnas garuda meskipun bermain di Stadion Utama Gelora Bung Karno (SUGBK). Tim sekelas Kamboja Myanmar bahkan Timor Leste hampir dapat mengimbangi permainan Timnas Indonesia.
Coach Shin mulai memoles permainan timnas Indonesia dengan perlahan memasukkan pemain-pemain muda, dan mengistirahatkan pemain-pemain generasi lama yang terkontaminasi gaya main lama. Pada bulan September 2021, peringkat Indonesia naik ke 75 dunia.
Sebulan kemudian di Oktober 2021, peringkat Indonesia naik ke posisi 165 dunia. Coach Shin terus melakukan pembenahan Timnas sehingga setahun berselang peringkat Indonesia naik lagi menjadi 155 dunia di bulan Agustus 2022.
Permainan Garuda dan beberapa pertandingan persahabatan yang dimenangkan maka pada bulan September 2023, membuat peringkat Timnas naik ke-147 dunia. Pada akhir tahun 2023 Timnas mampu berada di peringkat 146 dunia. Coach Shin pada bulan Januari 2024, berhasil membawa Timnas Indonesia mengikuti Piala Asia dan lolos babak 16 besar.
Alhasil peringkat timnas naik lagi menjadi 142 dunia. Terakhir di bulan Maret 2024, Timnas berhasil Menang dua kali melawan Vietnam dalam kualifikasi Piala Dunia 2026. Kemenangan ini mendongkrak peringkat Timnas Indonesia menjadi 135 Dunia.
